Python ucsc_专题 - Python中文网

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关于ucsc 相关联的Python项目和问题：

从Python的ftplib无阻塞管道

理想情况下，我想用python复制这个bash管道（我在这里使用cut来表示数据的任意转换）。我实际上想用pandas来做这个）： curl ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu ...

2024-04-17 已阅读: n次

Python Selenium驱动程序未检测到ifram中的更改

登录后，我将切换到有问题的iframe： driver.switch_to.frame("ucSC") 然后我搜索一个搜索按钮，然后单击它。你知道吗 search_btn = driver.find ...

2024-04-17 已阅读: n次

如何使用mysql.connector（Python）

我从Oracle安装了MySQL连接器，并用Python输入了以下命令（当前运行的是python2.7.6） import mysql.connector cnx=mysql.connector.c ...

2024-04-17 已阅读: n次

如何从ucsc基因组浏览器中提取表格浏览结果

我想自动化从UCSC基因组浏览器提取信息的过程，以节省大量的手工输入。以下代码获取了我认为正确的表单部分，但我无法提取结果： from mechanize import Browser from ...

2024-04-17 已阅读: n次

在Python上使用rsync recursive只显示文件名？

我使用rsync递归到该目录中的所有文件（包括子目录中的所有文件）： rathi/20090209.02s1.1_sequence.txt rathi/20090209.02s1.2_sequence ...

2024-04-17 已阅读: n次

python，通过坐标从DAS获取序列

ucsc DAS server，通过坐标得到DNA序列。在网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg19/dna?segment=chr20:30037432, ...

2024-04-17 已阅读: n次

伪逆矩阵计算

{a1}的逆矩阵的重复计算：我用这个密码 from numpy import * # https://classes.soe.ucsc.edu/cmps290c/Spring04/paps/lls ...

2024-04-17 已阅读: n次

PID做什么os.killpg公司

我正在编写代码来终止一个进程和所有子进程。在根据this post，可以使用os.killpg(pro.pid, signal.SIGTERM)在同一个进程组中终止所有子进程在测试期间，我手动启动 ...

2024-04-17 已阅读: n次

pandas：用列表分隔行的记录

我有这样一个Python Pandas数据帧（NCBI RefSeq的UCSC模式）： chrom exonStart exonEnds name chr1 100,200 ...

2024-04-17 已阅读: n次

Python中Fisher准则的计算

有没有一个python模块，当给定两个向量x和y时，其中y是两个类（0,1），它计算Fisher准则，如这里的公式http://compbio.soe.ucsc.edu/genex/genexTR2h ...

2024-04-17 已阅读: n次

一种快速获取人类基因组序列的方法

我想随机获取大量人类基因组片段（超过5亿个）。在这是整个过程的一部分工作。我有来自蝴蝶结的.sam结果文件，有1000万个人类基因组读取比对。我想将每个查询读取与sam文件中的“它对齐的引用序列”进 ...

2024-04-17 已阅读: n次

pyliftover

Pyliftover是一个库，用于在不同程序集之间快速轻松地转换基因组（点）坐标。它使用与ucscliftOver tool相同的逻辑和坐标转换映射。从当前版本（0.2）开始，pyliftove ...

2024-04-17 已阅读: n次

xena-gdc-etl

依赖关系下面提到的具体版本已经过测试。earlier版本可能仍然有效，但不能保证。巨蟒2.7，3.5+ 这个管道已经用P ...

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dgenome

dGenome dGenome是一个处理基因组坐标的django应用程序快速启动将“dgenome”添加到已安装的应用程序设置中，如下所示： INSTALLED_APPS = [ ...

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toil-scripts

ucsc计算基因组学实验室开发的基因组工作流程库此包Python名称：toil-scripts 目前版本： toil-scripts 2.0.11 ...

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genomep

#基因拷贝[！[Bioconda徽章]（https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg？style=flat） ...

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cwltool-ucsc

一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个三个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个 ...

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encode-dataframe

我想要一种更好的方法来探索和下载编码中的原始数据项目。例如，我想获取在未导入的MEL单元（来自MM9程序集）。一种策略是单独通过每个轨道枢纽（如组蛋白来自licr的mods，http://g ...

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pyucsc

与ucsc基因组浏览器表的绑定此包Python名称：pyucsc 目前版本： pyucsc 0.2 最后维护时间：Jun 13, ...

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medbooklib

medbooklib为medbook提供了一个python接口（下一个应该是r版本）。medbook connection（<；name optional>；，<；password ...

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interval-binning

以下是一些用于处理区间装箱方案的实用函数在UCSC Genome Browser中使用。此方案可用于实现基于重叠的快速间隔查询，基本上模拟 R-tree索引。注意，有些数据库系统本机支持空间索引 ...

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ucscgenome

该软件包允许在ucsc轻松下载和使用基因组数据。这实际上是围绕twobitreader库的一个瘦的“缓存”包装器。安装安装包的最简单方法是通过easy_install或pip： $ easy_ ...

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ucsc_snapshots

#ucsc_快照文档版本：0.1.8 ##摘要 ucsc_快照基于从bed3+文件和会话id（hgsid）指定的坐标。 UCSC基因组浏览器应在使用实用程序并保存为会话。这包括所有曲目设置、大小 ...

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intervaltree_bio

用于将ucsc基因组注释记录加载到一组interval tree数据结构中的便利类。安装安装大多数python包的最简单方法是通过easy_install或pip： $ pip install ...

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pythonic-porin

纳米孔数据分析包。提供使用隐马尔可夫模型和其他工具读取数据、执行事件检测、分段、可视化和分析的工具。为ucsc纳米孔组设计。此包Python名称：pythonic ...

2024-04-17 已阅读: n次

pybbi

皮比使用cython从UCSC Genome Browser source tree库中连接到jim kent的大二进制文件（bbi）[1]的python接口。这提供了对本地和远程bigwig和b ...

2024-04-17 已阅读: n次

ucsc-genomes-downloader

从ucsc快速下载基因组的python包。如何安装此软件包？像往常一样，只需使用pip: pip install ucsc_genomes_downloader 测试覆盖率由于某些软件 ...

2024-04-17 已阅读: n次

PyENCODE

这是一个方便的包，用于访问ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) project的原始数据。原始编码文件在this URL下以相当简单的结构组织。这些文件被分成多 ...

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pygenomes

pygenomes是一个python模块，也是一个命令- 从ucsc ftp站点下载基因组数据的线工具。使用此工具，您可以轻松检查可用的分类单元或可用的只需键入工具名或使用组添加-g标志即可分类 ...

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cruzdb

文档的呈现版本位于：http://pythonhosted.org/cruzdb/ 一篇描述cruzdb的论文发表在生物信息学上：http://bioinformatics.oxfordjournal ...

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cellbrowser

UCSC CellBrowser，一种用于单单元格数据的交互式浏览器。包括文本文件、seurat、scanpy和cellranger的转换器和基本管道。此包Pyt ...

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