intervaltree_bio 1.0.1

安装

安装大多数python包的最简单方法是通过easy_install或pip：

$ pip install intervaltree-bio

包需要intervaltree包（通常在使用pip或easy_install时自动安装）。

用法

间隔树数据结构的主要用途之一是在生物信息学中，其中 间隔与基因或基因组的其他特征相对应。

由于基因组通常由一组染色体组成，因此每个染色体都有一个单独的间隔树。 必须保留染色体。因此，您通常使用 类似于defaultdict(IntervalTree)来索引基因组特征的数据。 模块intervaltree_bio提供了一个GenomeIntervalTree数据结构，这是一个类似的便利 数据结构。除了处理基因组区间的特定方法外 提供从UCSC读取床位文件和refgene表的工具。

核心示例是从ucsc网站加载knownGene表的转录区域：

>> from intervaltree_bio import GenomeIntervalTree
>> knownGene = GenomeIntervalTree.from_table()
>> len(knownGene)

然后可以使用数据结构在给定的时间间隔内搜索已知基因：

>> result = knownGene[b'chr1'].search(100000, 138529)

除了knownGene之外，还可以加载其他ucsc表，或者指定要从中读取表的自定义url或文件。 有关详细信息，请参阅GenomeIntervalTree.from_table方法的docstring。

版权

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