蟒蛇基因组
genomep的Python项目详细描述
#基因拷贝
[！[Bioconda徽章]（https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg？style=flat）（http://bioconda.github.io）
[！[PYPI版本]（https://badge.fury.io/py/genomepy.svg）（https://badge.fury.io/py/genomepy）
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/simonvh/genomepy.svg？branch=master）（https://travis ci.org/simonvh/genomepy）
[！[代码运行状况]（https://landscape.io/github/simonvh/genomepy/master/landscape.svg？style=flat）（https://landscape.io/github/simonvh/genomepy/master）
[！[状态]（http://joss.theoj.org/papers/df434a15edd00c8c2f407668575d1cd/status.svg）（http://joss.theoj.org/papers/df434a15edd00c8c2f40766575d1cd）
[！[doi]（https://zenodo.org/badge/doi/10.5281/zenodo.831969.svg）]（https://doi.org/10.5281/zenodo.831969）
在python和其他地方轻松安装和使用基因组！
我们的目标是用一种简单明了的方式下载和使用基因组序列。
目前，genomepy支持ucsc、ensembl和ncbi。< BR>[asciicast]（https://asciinema.org/a/ezttbuf5ly0anjfvbbieiybjs.png）]（https://asciinema.org/a/ezttbuf5ly0anjfvbbieiybjs）
\
您可以通过[bioconda]安装它（https://bioconda.github.io/）：
`````
$conda install genomepy
````
注解下载功能。
您必须安装以下
实用程序并确保它们在您的路径中：
*`genepredtobed`
*`genepredtogtf`
*`bedtogenepred`
*`gtftogenepred`
*`gff3togenepred`
您可以在[此处]找到二进制文件（http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/）。
插件和索引
对于某些基因组，genomepy可以下载黑名单文件（由kundaje实验室生成）。这只会在从加州大学安装这些基因组时起作用。启用此插件以使用它。
```
$genomepy plugin enable blacklist
````
您还可以为一些广泛使用的对齐器创建索引。目前，genomepy支持：
*[bowtie2]（http://bowtie bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）
*[bwa]（http://bio-bwa.sourceforge.net/）
*[gmap]（http://research pub.gene.com/gmap/）
*[hisat2]（https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml）
*[minimap2]（https://github.co）m/lh3/minimap2）
注1：这些程序不是由genomepy安装的，需要单独安装才能使索引工作。
使用"genomepy plugin"命令创建（见下文）
若要更改配置，请生成个人配置文件：
```
$genomepy config generate
created config file/home/simon/.config/genomepy/genomepy.yaml
```
若要将默认基因组目录设置为`/data/genomes'，例如，编辑` ~/.config/genomepy/genomepy.yaml`并更改以下行：
```
genome目录：~/.local/share/genomes/
````
ge
/install install genome
插件管理插件
提供程序列出可用的提供程序
搜索基因组
`````
最简单的形式是：
```
$genomepy install hg38 ucsc
下载…
完成…
名称：hg38
fasta:/data/genomes/hg38/hg38.fa
````
要选择不同的目录，请使用"-g"选项。
```
$genomepy install saccer3 ucsc-g~/genomes/
从http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenpath/saccer3/bigzips/chromfa.tar.gz下载…
完成…
名称：saccer3
本地名称：saccer3
fasta:/home/simon/genomes/saccer3/saccer3.fa
``
您可以使用正则表达式筛选匹配序列
（或使用"--no-match"选项筛选不匹配的序列）。例如，
以下命令下载hg38并仅保存主要染色体：
````
$genomepy install hg38 ucsc-r'chr[0-9xy]+$'
从http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenpath/hg38/bigzips/hg38.fa.gz下载…
完成…
名称：hg38
本地名称：hg38
FastA:/数据/基因组/HG38/HG38.fa
$grep">；"/数据/基因组/HG38/HG38.fa
>>chr1
>；chr10
>；chr11
>>；chr12
>；chr12
>；chr13
>；ch chr14
>；chr15
>；chr16
>>；chr17
>>；chr18
>>；ch chr19
>>>；ch chr2
>；chr2
；chr18
>；chchr18
>>chr18>；chr20
>；chr21
>；chr22
>；chr3
>；chr4
>；chr5
>；chr6
>；chr7
>；chr8
>；chr9
>；chrx
>；chry
````
使用"-m hard"进行硬屏蔽。
染色体大小保存在名为"<；genome廑name>；.fa.sizes"的文件中。
对于来自ucsc和ensembl的基因组，您可以选择使用"-annotation"选项下载基因注释文件。
这些将以bed和gtf格式保存。
```
$genomepy install hg38 ucsc--annotation
```
最后，本着可重复性的精神，所有选择的选项都存储在"readme.txt"中。
包括原始名称和下载位置。
/>minimap2
大小*
```
启用插件如下：
````
$genomepy plugin启用bwa hisat2
启用的插件：bwa，gaps，hisat2，大小
````
hisat2，大小
```
```
$基因组搜索非洲爪蟾
```
$genomepy search非洲爪蟾
ncbi非洲爪蟾9.1热带爪蟾；doe联合基因组研究所
ncbi viralproj30173非洲爪蟾内源性逆转录病毒xen1；
ncbi非洲爪蟾v2非洲爪蟾laevis；interna国家爪蟾测序协会c
ucsc-xentro7 x.tropicalis 2012年9月（jgi 7.0/xentro7）ucsc基因组
ucsc-xentro3 x.tropicalis 2009年11月（jgi 4.2/xentro3）ucsc基因组
ucsc-xentro2 x.tropicalis 2005年8月（jgi 4.1/xentro2）ucsc基因组
ucsc-xentro1 x.tropicalis 2004年10月（jgi 3.0/xentro1）ucsc基因组
```
请注意，搜索并非完美无缺，因此，如果
没有任何结果，请尝试一些变体。
搜索不区分大小写。
t available genomes
您可以使用"-p"选项来限制基因组列表，只搜索特定的提供者。
```
$GenomePy基因组-p ucsc
ucsc hg38人类2013年12月（grch38/hg38）ucsc基因组
ucsc hg19人类2009年2月（grch37/hg19）ucsc基因组
ucsc hg18人类2006年3月（ncbi36/hg18）ucsc基因组
…
ucsc danrer4斑马鱼2006年3月（zv6/danrer4）ucsc基因组
ucsc danrer3斑马鱼2005年5月（zv5/danrer3）在ucsc的基因组管理配置配置文件：
```
$genomepy config show
```
$genomepy config generate
创建了配置文件/home/simon/.config/genomepy/genomepy.yaml
````
请注意，第一次运行"genomepy search"或"list"命令需要很长时间，因为必须下载基因组列表。
列表在本地缓存，这将节省以后的时间。缓存的文件存储在
`~/.cache/genomepy`中，7天后过期。您还可以删除此目录以清除
缓存。
python
`python
>；>import genomepy
>；>genomepy中的行。search（"grch38"）：
…打印（"\t.join（row））
…
ucsc hg38人类2013年12月（grch38/hg38）ucsc基因组
ncbi grch38.p10智人；基因组参考联合体
ncbi grch38智人；基因组参考联合体
ncbi grch38.p2智人ns；基因组参考联盟
ncbi grch38.p3智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p4智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p5智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p6智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p7智人智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p8智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p9智人；基因组参考联盟
ensembl grch38.p10人类ne…
名称：hg38
fasta:/data/genomes/hg38/hg38.fa
>；>g=genomepy.genome（"hg38"，genome-dir="/data/genomes"）
>；>g["chr6"][166502000:166503000]
tgtatggtcactaggggggcagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaggggggggcggggggggggggggggctagggagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagtctggagatgggggggggcccagcagatggagagagagagagagataagataagataagataagatacttcttggagccttggagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagatattctagttgaacacacacacacattccttccttcaagttgcaattaaagctattagttagctaaggatcacgtagccagagaggaccagagagacaggaccagagaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcagccagccaggcagccagccagcacagactcacaggcaggcaggcaggcaggcaggtaggcagagaggcagagagagccagagagccagagagagagccagagagagagccagagagagagagccagagagagagagagagagagagaccccaattaggagggaaggaagctccaggcagctagccggggttctagccgacccactttgaaatggccttggctgcttgggggaccagctgcggggaggtgcttgggatgatctggataaaagtttttttttgctctggcatccttagagagagctgaagagagagagagagaggatttggataaggatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat/>
"genomepy.genome（）"方法返回一个genome对象。它具有"pyfaidx.fasta"对象的所有
功能，
有关如何使用它的更多示例，请参见[文档]（https://github.com/mdshw5/pyfaidx）。
问题
特定的基因组序列可能存在问题。
遗憾的是，并非所有的东西（命名、结构、文件名）在提供者端总是一致的。
如果您在某些下载中遇到问题，请告诉我。
研究，请引用它：[10.21105/joss.00320]（http://dx.doi.org/10.21105/joss.00320）。
这是获得支持的首选方式。或者，您可以[给我发邮件]（mailto:simon.vanheeringen@gmail.com）。
向我发送请求或进入[触摸]（mailto:simon.vanheeringen@gmail.com）。
\license
此模块根据[麻省理工学院许可证]（https://opensource.org/licenses/mit）的条款获得许可。
[！[Bioconda徽章]（https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg？style=flat）（http://bioconda.github.io）
[！[PYPI版本]（https://badge.fury.io/py/genomepy.svg）（https://badge.fury.io/py/genomepy）
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/simonvh/genomepy.svg？branch=master）（https://travis ci.org/simonvh/genomepy）
[！[代码运行状况]（https://landscape.io/github/simonvh/genomepy/master/landscape.svg？style=flat）（https://landscape.io/github/simonvh/genomepy/master）
[！[状态]（http://joss.theoj.org/papers/df434a15edd00c8c2f407668575d1cd/status.svg）（http://joss.theoj.org/papers/df434a15edd00c8c2f40766575d1cd）
[！[doi]（https://zenodo.org/badge/doi/10.5281/zenodo.831969.svg）]（https://doi.org/10.5281/zenodo.831969）
在python和其他地方轻松安装和使用基因组！
我们的目标是用一种简单明了的方式下载和使用基因组序列。
目前，genomepy支持ucsc、ensembl和ncbi。< BR>[asciicast]（https://asciinema.org/a/ezttbuf5ly0anjfvbbieiybjs.png）]（https://asciinema.org/a/ezttbuf5ly0anjfvbbieiybjs）
\
您可以通过[bioconda]安装它（https://bioconda.github.io/）：
`````
$conda install genomepy
````
注解下载功能。
您必须安装以下
实用程序并确保它们在您的路径中：
*`genepredtobed`
*`genepredtogtf`
*`bedtogenepred`
*`gtftogenepred`
*`gff3togenepred`
您可以在[此处]找到二进制文件（http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/）。
插件和索引
对于某些基因组，genomepy可以下载黑名单文件（由kundaje实验室生成）。这只会在从加州大学安装这些基因组时起作用。启用此插件以使用它。
```
$genomepy plugin enable blacklist
````
您还可以为一些广泛使用的对齐器创建索引。目前，genomepy支持：
*[bowtie2]（http://bowtie bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）
*[bwa]（http://bio-bwa.sourceforge.net/）
*[gmap]（http://research pub.gene.com/gmap/）
*[hisat2]（https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml）
*[minimap2]（https://github.co）m/lh3/minimap2）
注1：这些程序不是由genomepy安装的，需要单独安装才能使索引工作。
使用"genomepy plugin"命令创建（见下文）
若要更改配置，请生成个人配置文件：
```
$genomepy config generate
created config file/home/simon/.config/genomepy/genomepy.yaml
```
若要将默认基因组目录设置为`/data/genomes'，例如，编辑` ~/.config/genomepy/genomepy.yaml`并更改以下行：
```
genome目录：~/.local/share/genomes/
````
ge
/install install genome
插件管理插件
提供程序列出可用的提供程序
搜索基因组
`````
最简单的形式是：
```
$genomepy install hg38 ucsc
下载…
完成…
名称：hg38
fasta:/data/genomes/hg38/hg38.fa
````
要选择不同的目录，请使用"-g"选项。
```
$genomepy install saccer3 ucsc-g~/genomes/
从http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenpath/saccer3/bigzips/chromfa.tar.gz下载…
完成…
名称：saccer3
本地名称：saccer3
fasta:/home/simon/genomes/saccer3/saccer3.fa
``
您可以使用正则表达式筛选匹配序列
（或使用"--no-match"选项筛选不匹配的序列）。例如，
以下命令下载hg38并仅保存主要染色体：
````
$genomepy install hg38 ucsc-r'chr[0-9xy]+$'
从http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenpath/hg38/bigzips/hg38.fa.gz下载…
完成…
名称：hg38
本地名称：hg38
FastA:/数据/基因组/HG38/HG38.fa
$grep">；"/数据/基因组/HG38/HG38.fa
>>chr1
>；chr10
>；chr11
>>；chr12
>；chr12
>；chr13
>；ch chr14
>；chr15
>；chr16
>>；chr17
>>；chr18
>>；ch chr19
>>>；ch chr2
>；chr2
；chr18
>；chchr18
>>chr18>；chr20
>；chr21
>；chr22
>；chr3
>；chr4
>；chr5
>；chr6
>；chr7
>；chr8
>；chr9
>；chrx
>；chry
````
使用"-m hard"进行硬屏蔽。
染色体大小保存在名为"<；genome廑name>；.fa.sizes"的文件中。
对于来自ucsc和ensembl的基因组，您可以选择使用"-annotation"选项下载基因注释文件。
这些将以bed和gtf格式保存。
```
$genomepy install hg38 ucsc--annotation
```
最后，本着可重复性的精神，所有选择的选项都存储在"readme.txt"中。
包括原始名称和下载位置。
/>minimap2
大小*
```
启用插件如下：
````
$genomepy plugin启用bwa hisat2
启用的插件：bwa，gaps，hisat2，大小
````
hisat2，大小
```
```
$基因组搜索非洲爪蟾
```
$genomepy search非洲爪蟾
ncbi非洲爪蟾9.1热带爪蟾；doe联合基因组研究所
ncbi viralproj30173非洲爪蟾内源性逆转录病毒xen1；
ncbi非洲爪蟾v2非洲爪蟾laevis；interna国家爪蟾测序协会c
ucsc-xentro7 x.tropicalis 2012年9月（jgi 7.0/xentro7）ucsc基因组
ucsc-xentro3 x.tropicalis 2009年11月（jgi 4.2/xentro3）ucsc基因组
ucsc-xentro2 x.tropicalis 2005年8月（jgi 4.1/xentro2）ucsc基因组
ucsc-xentro1 x.tropicalis 2004年10月（jgi 3.0/xentro1）ucsc基因组
```
请注意，搜索并非完美无缺，因此，如果
没有任何结果，请尝试一些变体。
搜索不区分大小写。
t available genomes
您可以使用"-p"选项来限制基因组列表，只搜索特定的提供者。
```
$GenomePy基因组-p ucsc
ucsc hg38人类2013年12月（grch38/hg38）ucsc基因组
ucsc hg19人类2009年2月（grch37/hg19）ucsc基因组
ucsc hg18人类2006年3月（ncbi36/hg18）ucsc基因组
…
ucsc danrer4斑马鱼2006年3月（zv6/danrer4）ucsc基因组
ucsc danrer3斑马鱼2005年5月（zv5/danrer3）在ucsc的基因组管理配置配置文件：
```
$genomepy config show
```
$genomepy config generate
创建了配置文件/home/simon/.config/genomepy/genomepy.yaml
````
请注意，第一次运行"genomepy search"或"list"命令需要很长时间，因为必须下载基因组列表。
列表在本地缓存，这将节省以后的时间。缓存的文件存储在
`~/.cache/genomepy`中，7天后过期。您还可以删除此目录以清除
缓存。
python
`python
>；>import genomepy
>；>genomepy中的行。search（"grch38"）：
…打印（"\t.join（row））
…
ucsc hg38人类2013年12月（grch38/hg38）ucsc基因组
ncbi grch38.p10智人；基因组参考联合体
ncbi grch38智人；基因组参考联合体
ncbi grch38.p2智人ns；基因组参考联盟
ncbi grch38.p3智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p4智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p5智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p6智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p7智人智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p8智人；基因组参考联盟
ncbi grch38.p9智人；基因组参考联盟
ensembl grch38.p10人类ne…
名称：hg38
fasta:/data/genomes/hg38/hg38.fa
>；>g=genomepy.genome（"hg38"，genome-dir="/data/genomes"）
>；>g["chr6"][166502000:166503000]
tgtatggtcactaggggggcagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaggggggggcggggggggggggggggctagggagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagtctggagatgggggggggcccagcagatggagagagagagagagataagataagataagataagatacttcttggagccttggagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagatattctagttgaacacacacacacattccttccttcaagttgcaattaaagctattagttagctaaggatcacgtagccagagaggaccagagagacaggaccagagaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcagccagccaggcagccagccagcacagactcacaggcaggcaggcaggcaggcaggtaggcagagaggcagagagagccagagagccagagagagagccagagagagagccagagagagagagccagagagagagagagagagagagaccccaattaggagggaaggaagctccaggcagctagccggggttctagccgacccactttgaaatggccttggctgcttgggggaccagctgcggggaggtgcttgggatgatctggataaaagtttttttttgctctggcatccttagagagagctgaagagagagagagagaggatttggataaggatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat/>
"genomepy.genome（）"方法返回一个genome对象。它具有"pyfaidx.fasta"对象的所有
功能，
有关如何使用它的更多示例，请参见[文档]（https://github.com/mdshw5/pyfaidx）。
问题
特定的基因组序列可能存在问题。
遗憾的是，并非所有的东西（命名、结构、文件名）在提供者端总是一致的。
如果您在某些下载中遇到问题，请告诉我。
研究，请引用它：[10.21105/joss.00320]（http://dx.doi.org/10.21105/joss.00320）。
这是获得支持的首选方式。或者，您可以[给我发邮件]（mailto:simon.vanheeringen@gmail.com）。
向我发送请求或进入[触摸]（mailto:simon.vanheeringen@gmail.com）。
\license
此模块根据[麻省理工学院许可证]（https://opensource.org/licenses/mit）的条款获得许可。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
