用于癌症数据采集、分析和共享的medbook平台
medbooklib的Python项目详细描述
medbooklib为medbook提供了一个python接口（下一个应该是r版本）。
medbook connection（<；name optional>；，<；password optional>；）
通过创建一个medbook connection对象开始对话，该对象将被使用
medbookconnection（“ted@soe.ucsc.edu”，“test1234”）；
使用medbook环境变量：medbookuser，medbookpassword
medbook=medbook connection（）；
`
medbookconnection.find（<；collection required>；、<；mongo query optional>；、<；keyword querys optional>；）
最简单的find命令将返回集合中的所有数据对象。例如
data=medbook.find（“clinical_info”）；
expression2等表格非常大，如果只需要一项研究中的一个基因，您只需执行以下操作即可完成此操作：
data=medbook.find（“expression2”，“study_id”：“prad_wcdt”，“gene”：“brca1”}）；
使用python关键字惯用语可以更容易地表达这一点：
data=medbook.find（“expression2”，study廑id=“prad廑wcdt”，gene=“brca1”）；
，但是使用mongo语法来表示复杂的查询，
data=medbook.find（“expression2”，“study廑id”：{“$in”：[“prad廑tcga”，“prad_wcdt”]}，“gene”：{“$in”：[“egfr”，“brca1”]}；
>您不能组合关键字查询和mongo查询。
可选环境变量凭据
您必须以名称和密码的形式向medbook提供凭据。有两种方法可以完成此操作：
首选方法：设置medbookuser和medbookpassword环境变量。对于exmaple：
export medbookuser=ted@soe.ucsc.edu
export medbookpassword=test1234
如果没有指定服务器
，则默认服务器为https://medbook.ucsc.edu。但您也可以将服务器设置为您的笔记本电脑。
常见的有：
export medbookserver=https://su2c-dev.ucsc.edu/
export medbookserver=http://su2c-dev.ucsc.edu:20012/
export medbookserver=http://localhost:20012/
您可以在medbookconnection对象的参数中提供名称和密码（见上文）。
medbook connection（<；name optional>；，<；password optional>；）
通过创建一个medbook connection对象开始对话，该对象将被使用
medbookconnection（“ted@soe.ucsc.edu”，“test1234”）；
使用medbook环境变量：medbookuser，medbookpassword
medbook=medbook connection（）；
`
medbookconnection.find（<；collection required>；、<；mongo query optional>；、<；keyword querys optional>；）
最简单的find命令将返回集合中的所有数据对象。例如
data=medbook.find（“clinical_info”）；
expression2等表格非常大，如果只需要一项研究中的一个基因，您只需执行以下操作即可完成此操作：
data=medbook.find（“expression2”，“study_id”：“prad_wcdt”，“gene”：“brca1”}）；
使用python关键字惯用语可以更容易地表达这一点：
data=medbook.find（“expression2”，study廑id=“prad廑wcdt”，gene=“brca1”）；
，但是使用mongo语法来表示复杂的查询，
data=medbook.find（“expression2”，“study廑id”：{“$in”：[“prad廑tcga”，“prad_wcdt”]}，“gene”：{“$in”：[“egfr”，“brca1”]}；
>您不能组合关键字查询和mongo查询。
可选环境变量凭据
您必须以名称和密码的形式向medbook提供凭据。有两种方法可以完成此操作：
首选方法：设置medbookuser和medbookpassword环境变量。对于exmaple：
export medbookuser=ted@soe.ucsc.edu
export medbookpassword=test1234
如果没有指定服务器
，则默认服务器为https://medbook.ucsc.edu。但您也可以将服务器设置为您的笔记本电脑。
常见的有：
export medbookserver=https://su2c-dev.ucsc.edu/
export medbookserver=http://su2c-dev.ucsc.edu:20012/
export medbookserver=http://localhost:20012/
您可以在medbookconnection对象的参数中提供名称和密码（见上文）。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
