用于将gdc数据导入ucsc xena的脚本。

xena-gdc-etl的Python项目详细描述


依赖关系

下面提到的具体版本已经过测试。earlier版本可能仍然有效,但不能保证。

  1. 巨蟒2.7,3.5+

    这个管道已经用Python2.7、3.5、3.6和3.7进行了测试。它也可以 使用其他Python3版本,因为它最初设计为 与单一源python 2/3兼容

  2. 请求 v1.2.3

  3. numpy v1.15.0

  4. 熊猫 v0.23.2

  5. jinja2 v2.10.1:用于生成元数据json。

  6. lxml v4.2.0:用于分析TCGA表型数据

  7. xlrd v1.1.0:用于读取目标表型数据

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