从ucsc快速下载基因组的python包。

ucsc-genomes-downloader的Python项目详细描述


Travis CI buildSonarCloud QualitySonarCloud MaintainabilityCodacy MaintainabilityMaintainabilityPypi projectPypi total project downloads

从ucsc快速下载基因组的python包。

如何安装此软件包?

像往常一样,只需使用pip:

pip install ucsc_genomes_downloader

测试覆盖率

由于某些软件处理覆盖有时会得到稍有不同的结果,下面是其中的三个:

Coveralls CoverageSonarCloud CoverageCode Climate Coverate

用法示例

假设你想下载基因组hg19:

fromucsc_genomes_downloaderimagedownload_genomedownload_genome("hg19")

有两个选项,下面是一个更完整的示例:

fromucsc_genomes_downloaderimagedownload_genomedownload_genome(genome="hg19",path=".",# The path where to save the genome, by default the current directory.chromosomes=["chr19"],# List of chromosomes to download. By default, all.cache_dir=".genome",# The path where to store the download cache.clear_cache=True# Whetever to delete the download cache, by default True.)

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