UCSC-CGL通用工作流语言参考实现

cwltool-ucsc的Python项目详细描述


一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个三个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个工作流程语言工具描述参考实现的一个共同的工作流程语言工具描述参考实现的一个一个,一个一个一个一个工作流程语言工具描述参考实现的一个一个一个一个具体的一个一个一个一个具体的一个一个一个一个工作流程的一个一个一个一个一个一个一个工作流程的一个工作流程>
cwl一致性测试:构建状态

这是通用工作流语言的参考实现。它的目的是功能完整,提供对cwl文件的全面验证,并提供与使用cwl相关的其他工具。


这是为python 2.7编写和测试的。


参考实现由两个包组成。“cwltool”包
是主python模块,包含
“cwltool”模块中的引用实现,控制台可使用相同的名称执行。

“cwlref runner”包是可选的,它在别名“cwl runner”下提供了一个额外的入口点
,这是安装在主机上的默认CWL解释器的与实现无关的名称。

从源代码安装instal cwltool



git clone https://github.com/common workflow language/cwltool.git
cd cwltool&;python setup.py install
cd cwlref runner&;python setup.py install共同安装?跳过这个

记住,如果同时安装多个cwl实现,则需要通过符号文件
系统链接或[其他工具](https://wiki.debian.org/debianternatives)来维护“cwl runner”指向哪个实现。


[工具或工作流说明][输入作业设置]

,或者如果您安装了多个CWL实现,并且希望覆盖默认的CWL运行程序使用:


cwl tool[工具或工作流说明][输入作业设置]


您的脚本。

与boot2docker一起使用
----
boot2docker正在虚拟机内运行docker,它只在虚拟机上装载“users`
。CWL的默认行为是在
`/var``下创建临时目录,Docker容器无法访问这些目录。

--tmp outdir prefix=/users/username/project--tmpdir prefix=/users/username/project wc-tool.cwl wc job.json

…|构建状态图像::https://ci.commonwl.org/build status/icon?job=cwltool conformance
:target:http s://ci.commonwl.org/job/cwltool conformance/


从远程或本地加载工具或工作流
---------------------------


``cwltool``可以通过其对http[s]的支持在本地和远程
系统上运行工具和工作流描述url.

输入作业文件和工作流步骤(通过“run”指令)可以使用绝对或相对本地文件系统路径引用cwl
文档。如果引用了相对路径
,但在当前目录中找不到该文档,则将搜索
以下位置:
http://www.commonwl.org/v1.0/commandlinetool.html;在本地文件系统上查找

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