python绑定到ucsc大二进制（bigwig/bigbed）文件库
pybbi的Python项目详细描述
皮比
使用cython从UCSC Genome Browser source tree库中连接到jim kent的大二进制文件（bbi）[1]的python接口。
这提供了对本地和远程bigwig和bigbed文件的读级访问，但没有写功能。主要特性是将范围查询快速检索到numpy数组中。
API
内省
它们接受本地文件路径或url。
bbi.is_bbi(path)-->；boolbbi.is_bigwig(path)-->；boolbbi.is_bigbed(path)-->；boolbbi.chromsizes(path)-->；OrderedDictbbi.zooms(path)-->；listbbi.info(path)-->；dict
阵列输出
它们接受一个bigwig或bigbed文件路径/url。大文件的信号是其间隔的基因组覆盖率。
对于单个范围查询：
bbi.fetch(path, chrom, start, end, [bins [, missing [, oob, [, summary]]]])-->；1d numpy数组
对于等长段列表（即生成堆叠的热图）：
bbi.stackup(path, chroms, starts, ends, [bins [, missing [, oob, [, summary]]]])-->；二维numpy数组
summary通过指定用于粗粒度化的bins数量来支持查询。摘要统计信息可以是：“平均”、“最小”、“最大”、“COV”或“STD”之一。（默认值为“mean”）。
丢失的数据可以用自定义填充值missing（默认值为0）填充
越界范围（即start小于零或end大于染色体长度）是允许的，因为它们的实用性，例如，用于生成以特定基因组特征为中心的垂直热图堆栈。可以为越界位置（默认值为nan）提供单独的自定义填充值oob。
间隔输出
接受bigWig或bigBed文件路径/URL
bbi.fetch_intervals(path, chrom, start, end)-->；迭代器
有关完整文档，请参阅docstrings
安装
需要
- Linux/MacOS
- C编译器，zlib，pthreads，libpng，openssl，make
- Python2.7/3.3+
numpy和cython
在新的ubuntu实例上，您需要build-essential、make、libssl-dev、libpng16-dev。它似乎也适用于linux的windows子系统。
pybbi现在作为源发行版在PyPI上它附带（稍加修改）kent-utils源代码，在构建扩展模块之前将编译该源代码。
$ pip install pybbi
要进行开发，请克隆repo并以可编辑模式安装：
$ git clone https://github.com/nvictus/pybbi.git
$ cd pybbi
$ pip install -e .
相关项目
- libBigWig：devon ryan为bigwig和bigbeed文件提供的可选c库
- pyBigWig：同一作者为
libBigWig编写的python绑定 - bw-python：brent pederson的替代python包装程序
libBigWig - bx-python：来自james taylor小组的python生物信息学库，其中包括用于bbi文件的工具。
此库提供对参考ucsc bbi库代码的绑定。请查看@dpryan79的libBigWig以获取用于大型二进制文件的备用专用c库。pyBigWig还提供基于numpy的检索和bigBed支持
参考文献
[1]：http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/17/2204.full
故障排除
在OSX上，您可能会得到关于丢失头文件的错误（例如，png.h，openssl/sha.h），即使安装了头文件，也可能不在标准包含位置在安装pybbi之前，create the required symlinks或相应地更新C_INCLUDE_PATH环境变量。
exportC_INCLUDE_PATH="/usr/local/include/libpng:/usr/local/opt/openssl/include:$C_INCLUDE_PATH"
注释
不幸的是，Kent的C源代码不是性能良好的库代码，因为它到处都是调用exit()的错误调用pybbi将捕获并抢先处理常见的输入错误，但如果以某种方式引发内部错误，它将终止您的解释器实例。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
