Python fasta_专题 - Python中文网

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关于fasta 相关联的Python项目和问题：

如何解决IOError:[Errno 2]没有这样的文件或目录：在Biopython中？

我正在尝试使用以下代码解析Biopython中的fasta文件。如何解决此错误？ from Bio import SeqIO handle = open("C:/Users/Desktop/kk.fa ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何利用生物ython的翻译功能跟踪起始密码子（ATG）在核苷酸序列中的位置？

我有一个FASTA文件，其中有一组序列，格式如下： BMRat|XM_008846946.1 ATGAAGAACATCACAGAAGCCACCACCTTCATTCTCAAGGGACTCAC ...

2024-05-13 已阅读: n次

python中大文件的高效文件缓冲和扫描方法

对我遇到的问题的描述有点复杂，我在提供更完整的信息方面会犯错误。对于不耐烦的人，下面是我最简单的总结： What is the fastest (least execution time) ...

2024-05-13 已阅读: n次

python中if语句后变量重置回0

我得到了这个错误 IndexError: list index out of range 从我收集到的信息来看，这是因为我的r变量一旦进入if语句，就会重置为0。我正在学习python，所以任 ...

2024-05-13 已阅读: n次

BioPython：从Blast输出fi中提取序列id

我有一个XML格式的BLAST输出文件。它是22个查询序列，每个序列报告50次点击。我想提取所有的50x22点击。这是我目前拥有的代码，但它只从第一个查询中提取50个匹配项。 from Bio.Bla ...

2024-05-13 已阅读: n次

使用python多进程在完成后立即在进程上启动一个新函数（作业多于核心）

我在下面编写了一个函数，它调用一个函数（调用外部程序）。我已经将它写为仅限于提供的#个核心，它等待当前所有任务完成，然后再分配更多的任务。你知道吗我确信有一个更好的方法-我怎样才能观察完成的过程，然 ...

2024-05-13 已阅读: n次

仅在模式（“\”）之前保留“id”字符串的一部分

我有个小问题：我实际上有一个fasta文件，比如： g1.t1_0035_0042 ATTAGGAGGAA g2.t1_0042_0042 ATTAGGAGA g3.t1_0042_0035 ATT ...

2024-05-13 已阅读: n次

当我不想让Pandas将字符串转换为浮点数时，Pandas会尝试将其转换为浮点数

伙计们。我正在写一段代码，生成氨基酸序列。它有两个相同的循环-第一个循环工作正常，而另一个循环给出“ValueError:无法将字符串转换为浮点：“”。现在，我试着调试它，将所有内容都设置为字符串，但 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python：从fasta格式的序列开头删除字符

我有fasta格式的序列，在序列的开头包含17个bp的引物。引物有时会出现不匹配。因此，我想删除序列的前17个字符，除了fasta头。在序列如下： > name_name_number_etc ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何在一个fasta文件中并行计算，每个处理器取一个序列

我不知道如何在Python中并行化一个代码，它接受FASTA文件的每一行，并对它进行一些统计，比如计算GC内容。你有没有一些技巧或库可以帮助我减少执行的时间？你知道吗我试着用叉子（），但它给我的执行 ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何使用python或R将三个字母的氨基酸代码转换为一个字母的代码？

我有一个fasta文件，如下所示。我想把three letter codes转换成一个字母代码。我怎样才能用python或R来实现这一点？ >2ppo ARGHISLEULEULYS >3 ...

2024-05-13 已阅读: n次

用Biopython改变fasta文件中的DNA序列

我有一个fasta格式的文件，里面有几个DNA序列。我想将每个序列的内容更改为另一个较小的序列，保持相同的序列id。新序列在一个列表中。在 with open("outfile.fa", "w") ...

2024-05-13 已阅读: n次

fq2fa

将fastq转换为fasta序列 ...

2024-05-13 已阅读: n次

multifastadb

multifastadb将索引的fasta文件的集合显示为单个来源。其目的是简化对分布在多个文件中的序列。 $pip安装多数据库 $python >>> from multifa ...

2024-05-13 已阅读: n次

refgenie

标准化参考基因组资源管理器。请参阅documentation。 ...

2024-05-13 已阅读: n次

modelestimator-v2

模型估计器---从MSA推断序列进化率矩阵示例用法 modelestimator -t 0.001 file1.fa file2.fa file3.fa 从三个fasta格式的对齐文件中推 ...

2024-05-13 已阅读: n次

groupfilter

groupfilter-有效过滤morpheus搜索引擎结果的软件工具 groupfilter是一个基于 pytecomics（http://pythonhosted.org/pyteomics/） ...

2024-05-13 已阅读: n次

pyGATB

MacOSX Linux 关于Pygatb pygatb是GATB-Core library的python3包装器。当前版本的pygatb允许访问以下gatb核心组 ...

2024-05-13 已阅读: n次

mummer-idotplot

木乃伊idotplot 使用plotly从mummer4输出生成交互式点图安装 $ pip install mummer-idotplot plotly需要安装。用法将两个序列与mummer4 ...

2024-05-13 已阅读: n次

fastatools

使用fasta文件的工具。 Fastatools包装是由美国食品公司开发的以及药品管理局，食品安全和应用营养中心。免费软件文档：https://fastatools.readthedocs. ...

2024-05-13 已阅读: n次

db-check

正常检查快速数据库 fasta数据库很容易损坏，我们需要一个简单的工具重复检查数据库中没有未预料到的条目。此工具将检查：具有相同ID的重复条目具有不同ID但具有重叠序列的条目（即，100%重 ...

2024-05-13 已阅读: n次

microsatellites_finder

这个程序在fasta序列中搜索微卫星。可用选项如下： -i, --input-fasta：包含要分析的序列的fasta文件的路径。该文件可以是纯文本文件，也可以是gzip压缩文件。 -o, --o ...

2024-05-13 已阅读: n次

seqgen

详情请参阅https://github.com/acorg/seqgen。 ...

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revtrans

名称revtrans-执行肽对齐的反向转换从pepfile发送一组对齐的肽序列，并使用来自dna file的相应dna序列来构建对齐的反向翻译版本。ptide序列是通过翻译找到的。在典型情况下，这意味 ...

2024-05-13 已阅读: n次

dgparse

dgparse是一个开放源码的解析器库，用于各种常用的生物文件格式（如genbank、fasta、snapgene等）。此外，in使用棉花糖模式库将解析的数据改编并重命名为deskgen基因组编辑平台 ...

2024-05-13 已阅读: n次

snps

单核苷酸多态性用于读取、写入、合并和重新映射snp的工具能力从各种直接对消费者（dtc）dna检测源中读取原始数据（基因型）文件读取和写入构建36、37和38的vcf文件（例如，将2 ...

2024-05-13 已阅读: n次

sam2fasta

将sam文件转换为fasta格式的简单脚本。此包Python名称：sam2fasta 目前版本： sam2fasta 0.1.0 ...

2024-05-13 已阅读: n次

ambivert

ambivert的实验α释放----------此程序设计用于处理在第二代测序平台（如illumina hiseq/miseq）上生成的基于振幅的重排序数据。在将序列与参考基因组对齐之前，将每个扩增子 ...

2024-05-13 已阅读: n次

dnacol

彩色DNA/RNA碱基、蛋白质氨基酸编码和最终输出的质量分数关于这是一个python脚本，用于给终端中的dna、rna和蛋白质序列上色。如果使用dnacol调用，它将从stdin或文件中读取行 ...

2024-05-13 已阅读: n次

dcma

深度密码子突变分析仪（dcma） DCMA从目标文件分析.fasta文件中的每一列密码子，生成一个报告，列出所有可能的突变。安装 pip install dcma 示例 Simple Execu ...

2024-05-13 已阅读: n次

msaconverter

msaconverter 1简介 msaconverter是一个将多序列对齐转换为不同格式的工具，使用Biopython（http://www.biopython.org/） 2安装 pip inst ...

2024-05-13 已阅读: n次

snp-mutator

从参考基因组生成突变序列文件。 snp突变子是由美国食品公司开发的。以及药品管理局，食品安全和应用营养中心。免费软件文档：https://snp-mutator.readthedocs.io ...

2024-05-13 已阅读: n次