在fasta序列中搜索微卫星的python包
microsatellites_finder的Python项目详细描述
这个程序在fasta序列中搜索微卫星。 可用选项如下：
- -i,--input-fasta：包含要分析的序列的fasta文件的路径。该文件可以是纯文本文件，也可以是gzip压缩文件。
- -o,--output-file：要与分析结果一起保存的文件的路径。微卫星的坐标将是基于0的。
- -l,--seed-length：微卫星种子的长度，即将重复的核苷酸数目。例如，-l 2会发现像ACACACAC这样的微卫星，其中种子AC重复4次。
- -r,--minimum_repetitions：种子的最小重复次数。例如，-r 3将找到像CTACTACTA或CTACTACTACTA这样的微卫星，其中种子CTA至少重复3次。允许的最小值为2，默认值为3。
- -im,--imperfect：包括不完善的微卫星。有了这个选项，共享同一种子、距离达到“不完美”值至少-r-1次的微卫星将合并在一起，并被视为单个微卫星。默认情况下，此选项被禁用，微卫星保持分离。
- -s,--strict：当--imperfect为正整数时，此选项仅允许使用种子中存在的核苷酸搜索不完美的微卫星。例如，如果种子是AT，则只考虑核苷酸A和T。默认情况下，此选项被禁用，并考虑所有核苷酸ACGT。
- -a,--alphabet：用于微卫星搜索的字母表。字母表可以是dna的dna或蛋白质的^{str1}$aa。默认为“DNA”。
- -f,--flanking：微卫星两侧序列的长度。序列将写入输出文件。超出染色体界限的序列将被截断。默认情况下，此选项被禁用。
- -c,--cores：要在计算中使用的CPU数。默认情况下，它将使用所有可用的CPU。
- -p,--progress：使用进度条跟踪计算进度。
如何执行程序
程序可以通过写入终端来执行：
find_micro
要求：
- Python3.4+
安装：
pip install macrosatellites_finder
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