snp-mutator 1.2.0

功能

• 读取fasta文件并生成任意数量的经过修改的fasta复制文件。
• 突变可以是任意数量的随机单碱基替换、插入和删除。 选定的位置，均匀分布在整个基因组中。
• 突变可以从所有可能位置的子集（池）中选择。
• 复制可以划分为多个组，每个组共享一个符合条件的位置池。
• 生成一个摘要文件，列出所有变异位置的原始基和变异。
• 突变可以是单形的，也可以是多态的。
• VCF文件生成。
• 可以将各种度量保存到输出文件中。
• 可以自定义fasta defline序列id。

引用snp突变子

要引用snp mutator，请引用以下出版物：

Davis S, Pettengill JB, Luo Y, Payne J, Shpuntoff A, Rand H, Strain E. (2015) CFSAN SNP Pipeline: an automated method for constructing SNP matrices from next-generation sequence data. PeerJ Computer Science 1:e20 https://doi.org/10.7717/peerj-cs.20

许可证

请参阅snp mutator发行版中包含的许可文件。

历史记录

1.2.0（2019-05-15）

• 增加了对Python3.6和3.7的支持。
• 添加了一个命令行选项来指定生成的fasta文件的输出目录。

1.1.0（2018-10-23）

• 添加了在输出文件中指定fasta defline sequence id的功能。
• 未经修改但连接的序列引用可以写入单独的输出文件。 所有的复制都是这个文件的突变。

1.0.0（2018-10-12）

• 突变可以从所有可能位置的子集（池）中选择。
• 复制可以划分为多个组，每个组共享一个符合条件的位置池。
• 突变可以是单形的，也可以是多态的。
• 添加生成VCF输出文件的功能。
• 添加生成度量输出文件的功能。
• 安装程序创建一个名为snpmutator的可执行脚本。
• 插入现在放置在原始引用位置之后，而不是之前，如以前版本的 传感器。这意味着不可能准确地再现先前版本的结果 这个软件。

0.2.0（2016-01-15）

• 允许输入fasta文件中使用小写字母。
• 不要改变间隙或模棱两可的位置。
• 添加命令行开关以显示程序版本。

0.1.1（2015-06-17）

• 从摘要文件列标题中删除空格。这将简化下游 一些脚本语言中的分析。

0.1.0（2015-05-21）

• github上的第一个版本，阅读文档和pypi。