显示fasta/fastq/sam/vcf文件，带有彩色dna/rna碱基和质量分数（`dnacol`）或带有彩色氨基酸编码（`pcol`）的蛋白质序列
dnacol的Python项目详细描述
彩色DNA/RNA碱基、蛋白质氨基酸编码和最终输出的质量分数
关于
这是一个python脚本，用于给终端中的dna、rna和蛋白质序列上色。 如果使用dnacol调用，它将从stdin或文件中读取行并将 它能找到DNA/RNA。此外，它还可以对颜色进行编码。 fastq/sam文件中的质量分数。 如果使用pcol调用，它将替换编码为氨基酸一个字母代码的彩色蛋白质序列。
屏幕截图
格式特定颜色
默认情况下，dnacol将查找一个或多个dna/rna字母的所有字符串并为其上色，然后 pcol将为20个标准氨基酸字母的所有字符串上色。 但是，它们也可以识别一些标准文件格式并应用更多 目标色。当读取文件时，这些格式将 根据文件扩展名自动识别。阅读时 从stdin，dnacol和pcol将尝试根据数据标识格式 本身（用于fastq/sam/vcf文件）。格式也可以使用 --format选项。
- sam格式（--format=sam，在文件名为
以.sam结尾，或找到与sam格式匹配的行）
- 忽略标题，将seq列涂为dna，qual列涂为 质量分数
- fastq格式（--format=fastq，在文件名为
以.fastq或.fq结尾，或者前四行与fastq匹配
格式）
- 将每个读数的第二行涂成DNA
- 将每次阅读的第四行涂成质量分数
- VCF格式（^{TT13}$，在文件名为
以.vcf结尾，或找到VCF标题行）
- 忽略注释，只将ref和alt列着色
- fasta格式（--format=fasta，在文件名为
以.fasta或.fa）结尾
- 忽略序列标识符
彩色地图
该脚本支持不同的颜色映射，为序列的每个可能字母指定颜色。 它们显示在dnacol --help中。当使用dnacol调用时，默认情况下脚本将使用dna_brgycolormap， 而pcol将使用proteincolormap。您可以使用配置文件更改dnacolcolormap（见下文）。
选项
-w, --wide
wide output (add spaces around each base)
-f FORMAT, --format FORMAT
file format (auto|text|sam|vcf|fastq|fasta)
配置
可以用yaml格式创建名为/etc/dnacol或~/.dnacol的配置文件来更改此脚本的行为。 目前，唯一可用的设置是用于DNA序列的彩色地图。 有关可用颜色映射的示例，请参见dnacol --help。
要使用gbyr而不是brgycolormap，请设置dna_colormap选项，如下所示：
dna_colormap: gbyr
下载/安装
要安装，请使用pip：
pip install dnacol
如果系统范围的目录不可写，您可以使用以下命令安装到主目录：
pip install dnacol --user
或者，您可以克隆这个git 存储库并使用提供的setup.py脚本。
git clone https://github.com/koelling/dnacol.git cd dnacol && python setup.py install
dnacol已经用Python2.7、Python3.5和3.6进行了测试。
示例
#read gzipped file dnacol examples/phix.fa.gz | head #pipe from stdin head examples/reads.txt | dnacol --wide #use `pcol` for protein sequences pcol examples/hras.fa #use `less -R` to display colors in less dnacol examples/phix.fa.gz | less -R
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