用Biopython改变fasta文件中的DNA序列

Question

我有一个fasta格式的文件，里面有几个DNA序列。我想将每个序列的内容更改为另一个较小的序列，保持相同的序列id。 新序列在一个列表中。在

with open("outfile.fa", "w") as f:
    for seq_record in SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta"):
        for i in range(len(newSequences_ok)):
            f.write(str(seq_record.id[i]) + "\n")
            f.write(str(newSequences_ok[i]) + "\n")  

但我得到：

^{pr2}$

如何更改代码使其正常工作？我认为问题是我需要迭代原始fasta文件和新序列的列表。在

原始fasta文件如下所示：

>Sequence1
ATGATGCATGG
>Sequence2
TTTTGGGAATC
>Sequence3
GGGCTAACTAC
>Sequence4
ATCTCAGGAA

新序列的列表与此类似：

newSequences_ok=[ATGG,TTTC,GGTA,CTCG]

我想得到的输出是：

>Sequence1
ATGG
>Sequence2
TTTC
>Sequence3
GGTA
>Sequence4
CTCG

Answer 1

我认为这可能有效：

records = SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta")
with open("outfile.fa", "w") as f:
    for r, s in zip(records,newSequences_ok):
        f.write(r.seq.seq.split('\n')[0] + '\n')
        f.write(s + '\n')

如果没有（即使有），你真的需要了解Biopython是如何工作的。您将SeqIO.parse视为直接返回文件行的内容。相反，它返回SeqRecord对象，这些对象具有一个seq属性，该属性返回Seq对象，这些对象本身有两个属性，seq属性（这正是您想要的）和alphabet属性。在尝试修改之前，您应该集中精力提取您感兴趣的信息。在