深度密码子突变分析仪

dcma的Python项目详细描述


深度密码子突变分析仪(dcma)

DCMA从目标文件分析.fasta文件中的每一列密码子,生成一个报告,列出所有可能的突变。

安装

pip install dcma

示例

用法

命令行

usage: run-dcma [-h][--reportName REPORTNAME][--reportPath REPORTPATH][--searchKP SEARCHKP][--debug]
                TARGET REPORTTYPE

Analyse mutation on all nucleotide alignment .fasta files from a target.

positional arguments:
  TARGET                Target .fasta file to be analysed.
  REPORTTYPE            Output report file type.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reportName REPORTNAME
                        Output report custom file name.
  --reportPath REPORTPATH
                        Output report custom file path.
  --searchKP SEARCHKP   Custom keyphrase to detect searchable sequences.
  --debug               Turn debug messages on.

Python

importdcma.coreassolvertarget_path='example.fasta'report_name='myrep'report_type='all'# 'xls', 'csv' or 'all'report_path='results-folder'# optionalsolver.set_debug_mode(True)# optional# results[0] -> polarity results dataframe# results[1] -> alerts dataframeresults=solver.run(target_path)# option 1: export to the current foldersolver.export(results,report_type,report_name)# option 2: export to custom foldersolver.export(results,report_type,report_name,report_path)

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