Python 核苷酸_专题 - Python中文网

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关于核苷酸相关联的Python项目和问题：

将核苷酸翻译成氨基酸的Python

我有一个不起作用的函数。我必须将.txt文件中的核苷酸序列翻译成氨基酸，比较字符串和字典。有人能告诉我这有什么问题吗？输出仅显示.txt文件中的字符串，它被选为该文件中的氨基酸序列 f = open( ...

2024-04-25 已阅读: n次

分析序列d中的信息

我对一个文件很感兴趣。看起来像这样 CTGGCCGCTGCTCCTCTCGCT公司 CTCGCAGCATCTCCTCTTGCG公司 ctagcgcctctgactccgctagcg CTCGCTGCC ...

2024-04-25 已阅读: n次

用Biopython在线运行BLAST时出现语法错误

我正在尝试构建一个脚本来比较我从pyrosequencing得到的fasta文件与按照Biopython教程和烹饪书（Chapter 7）的核苷酸GenBank数据库。在进程运行时，提示将显示以下消 ...

2024-04-25 已阅读: n次

将表中的核苷酸序列转换为fasta格式的python脚本

我进行了祖先序列重建，以确定给定系统发育树中每个节点的核苷酸序列。输出文件是一个表格，每个节点的每个位置都有最可能的核苷酸（见下文）： #output file: node_name, positio ...

2024-04-25 已阅读: n次

将核苷酸位置与fasta-fi序列相匹配

我有职位清单： chr1 1000 chr2 2000 chr3 4000 并希望能够转换这些位置在他们的核苷酸序列给出一个自定义的fasta文件。例如： ^{pr2}$ 有没有已经用python编 ...

2024-04-25 已阅读: n次

Python正则表达式：如何重复模式的重复？

我正在寻找一长串的DNA核苷酸，并寻找以起始代码“AAA”开始，以终止代码“CCC”结束的序列。由于核苷酸是三胞胎，所以我发现的每个序列的开始和结束之间的核苷酸数量必须是三的倍数。例如，“aaagg ...

2024-04-25 已阅读: n次

分析DNA序列中的串联重复模体

帅哥们：）。我对Python编程没有太多的帮助，因为我在编写Python方面没有太多的经验。我正在研究DNA序列中的短串联重复序列，我想有一个代码，可以读取和计算基于特定位点串联基序的重复核苷酸。在 ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何计算可能的组合数

list0 = ["A", "T", "C", "G"] list1 = ["A", "T", "C", "G"] list2 = ["A", "T", "C", "G"] list3 = ["A", ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何解决BioPython中的HTTP错误429？

我尝试使用BioPython通过输入登录号和起始和结束位置来获取核苷酸序列。我需要获取许多序列，但过程在3个序列后被中止。我有个错误： "HttpUrlLib.错误：HTTP错误429:请求太多”。 ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何在Python中使用正则表达式在字符串中查找重复的子字符串？

我试图找到DNA序列中最长的连续重复DNA核苷酸链。DNA序列是一个字符串。例如，如果我有"AGA"，我想知道链中"AGA"的最长连续重复链的长度我正在考虑使用正则表达式来提取核苷酸的所有重复链，并 ...

2024-04-25 已阅读: n次

串联外显子序列并在两者之间插入外显子

所以我想用一个带有外显子序列的FASTA文件执行一个复杂的任务，比如： >MSTRG.1.1_1_30 AAAACGGAGGACCAAGCCGTTTGCCGTACG >MSTRG.1.1_ ...

2024-04-25 已阅读: n次

卡在Python3循环中

我需要创建一个函数，返回给定DNA序列中的互补序列。例如，如果用'AT'作为参数调用此函数，它应该返回'TA'。但我真的不知道如何创建它，如果一个DNA序列可以有任何长度。如果互补的核苷酸是A=T G ...

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pyani

readme.md（pyani）概述安装 docker图像测试pyani 运行Pyani 脚本：average_nucleotide_identity.py 脚本：genbank_ ...

2024-04-25 已阅读: n次

microsatellites_finder

这个程序在fasta序列中搜索微卫星。可用选项如下： -i, --input-fasta：包含要分析的序列的fasta文件的路径。该文件可以是纯文本文件，也可以是gzip压缩文件。 -o, --o ...

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nucleic

核碱基取代光谱和特征的分析和绘图库。 ❯ pip install nucleic 功能：使用一个优雅的api在其局部环境中对dna和变异等位基因进行建模将单核苷酸变异组合成突变 ...

2024-04-25 已阅读: n次

genbank-download

使用登录号从genbank下载核苷酸序列西蒙·格林希尔，2009年用法： python genbankdownload.py[选项]登录号例如 python genbankdownload. ...

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seekr

参见kr 根据kmer频率找出核苷酸序列的群体。可在seekr.org找到一个门户网站安装要使用此库，您的计算机上必须有python3.x。一旦有了python，请运行： $ pip in ...

2024-04-25 已阅读: n次

allein_zu_haus

一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个三个一个一个一个一个三个一个一个一个三个一个一个三个一个一个一个一个三个一个一个一个三个一个一个一个三个一个一个一个 ...

2024-04-25 已阅读: n次

melt

python的核苷酸序列熔化温度计算器。特点：通常在摄氏度的十分之几内与国际直拨电话的OligoAnalyzer 单价和二价阳离子校正（来自https://www.idtdna.com/ ...

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ntai

NTAI NTAI代表核苷酸（NT）人工智能（A.I.）。NTAI是一个小的用于将fasta序列与人工智能（a.i.）结合使用的python库。目前有两个主要模块将被使用 Codex，和 bed ...

2024-04-25 已阅读: n次

nucleop

核型科学的python库可以方便地处理核苷酸数据。用户可以创建DNA和RNA对象并轻松地对其进行操作用于科学编程。作者 Rohan Koodli 使用 pip install nucleo ...

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hamstring

[！[构建状态]（https://travis-ci.org/mdshw5/hamstring.svg？branch=master）（https://travis ci.org/mdshw5/hams ...

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regsnp-intron

预测人类内含子单核苷酸的致病概率。此包Python名称：regsnp-intron 目前版本： regsnp-intron 0.1.5 ...

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bio-pm

核苷酸序列点突变分析工具安装通过PIP安装： pip install bio-pm 或手动（假设系统上安装了所有必需的模块）： python ./setup.py install 要求 ...

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bseq

bseq 用于处理生物序列和比对的Python包快速启动安装bseq pip install bseq FASTA格式的核苷酸序列 from bseq.sequence import NuclS ...

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NucDiff

#nucdiff手册它能够处理非常零碎的基因组、结构重排和各种局部差异。这些特性使得nucdiff非常适合相互比较程序集或与可用的参考基因组进行比较。nucdiff提供有关差异类型及其位置的信息。可以 ...

2024-04-25 已阅读: n次

zymp

zymp是一个python库，用于设计“限制站点数组”，它是具有许多限制位点的紧凑序列。例如，这里有一个159个核苷酸序列，由zymp和49个酶组成识别站点（提供了52个）频率大约是每个位点3 ...

2024-04-25 已阅读: n次

ncfp

readme.md-ncfp 这个存储库包含一个脚本的代码，该脚本识别并将每个蛋白质的相应核苷酸序列写入一个输入的多序列文件中，例如，用于系统发育分析的蛋白质序列的后线程编码序列。ncfp使用ncbi ...

2024-04-25 已阅读: n次

poppunk

poppunk（使用核苷酸kmers进行种群划分）步骤1）使用k-mers计算核心和附件距离步骤2）使用核心和附件距离分布来定义应变步骤3）从应变中选择引用，该引用可用于分配新的查询序 ...

2024-04-25 已阅读: n次

GetIsolationSources

**getisolationsources**是一个小的命令行实用程序，给定在序列描述中包含genbank id的fasta文件，生成隔离源及其分布的每个序列列表（即每个隔离源的序列数）。因此，描述字 ...

2024-04-25 已阅读: n次

sshmm

rna结合蛋白（rbps）在rna转录后调控中起着重要作用。它们通过核苷酸序列和三维结构识别rna分子。sshmm是一种结合隐马尔可夫模型（hmm）和gibbs抽样的rna基序发现方法，从高通量rna ...

2024-04-25 已阅读: n次

dnacurve

dnacurve是一个python库和控制台脚本，用于计算全局 B-DNA分子的三维结构二核苷酸楔形模型。局部弯曲角与宏观曲率在每个核苷酸处计算。对于命令行用法，请运行python -m dna ...

2024-04-25 已阅读: n次

Python 核苷酸

关于核苷酸 相关联的Python项目和问题：

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