用Biopython在线运行BLAST时出现语法错误

Question

我正在尝试构建一个脚本来比较我从pyrosequencing得到的fasta文件与按照Biopython教程和烹饪书（Chapter 7）的核苷酸GenBank数据库。在

进程运行时，提示将显示以下消息：

result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
            ^
SyntaxError: invalid syntax

我不知道问题出在哪里，也不知道该怎么解决。我可能在以后的脚本中有错误。但现在，我不能继续用它工作了。在

Answer 1

从您给出的代码片段中，您只需关闭open命令的括号块-format是传递给SeqIO.read，而不是{}的参数。在

record=SeqIO.read(open("/Users/imac/Desktop/sinchimeras_1.fasta"), # close parens
    format="fasta")
result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
archivo1=open("/Users/imac/Desktop/bacsoilpia0_otu.xml", "w")
archivo1.write(result_handle.read())