用于处理生物序列和比对的python包
bseq的Python项目详细描述
bseq
用于处理生物序列和比对的Python包
快速启动
安装bseq
pip install bseq
FASTA格式的核苷酸序列
frombseq.sequenceimportNuclSequenceseq=NuclSequence('test_seq_name','GATTACA',description='Test nucleotide sequence')print(seq.fasta_format())
从文件导入对齐方式
frombseq.readerimportread_fasta_alignmentaln=read_fasta_alignment('/Users/Me/Downloads/seq.aln.fasta',seq_type='nucleotide',name='test_alignment',description='Test alignment for bseq')
概述
BSEQ帮助生物学家导入和操作核苷酸等生物序列， 氨基酸和密码子。与python中的其他生物信息学包不同，bseq只关注 分析和操作序列和路线。
依赖关系
bseq使用numpy进行许多对齐操作，并使用nose测试其源代码当使用pip安装bseq时，pip将自动安装numpy和nose。
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