melt 1.0.4

特点：

• 通常在摄氏度的十分之几内与国际直拨电话的OligoAnalyzer
• 单价和二价阳离子校正（来自https://www.idtdna.com/Calc/Analyzer/Home/Definitions#MeltTemp）
• 阿拉维和桑塔卢西亚的精确核苷酸对系数（1997）

限制：

• 不处理不匹配或悬挂端
• 不处理不明确的基
• 不处理RNA或DNA/RNA杂交

如果需要这些特性，请使用biopython的MeltingTemp模块。

安装

$ pip install melt

用法

从命令行：

$ Tm ATGCATGC
44.4
$ Tm --dna 200 --na 50 --mg 3 --dntp 0.8 ATGCATGC
26.4

作为库：

>>>importmelting>>>melting.temp("ATGCATGC")44.387081560668946>>>melting.temp("ATGCATGC",DNA_c=200,Na_c=50,Mg_c=3,dNTPs_c=0.8)26.438734864285152

致谢

此代码主要是基于现有的代码：

• 塞巴斯蒂安·巴西（sbassi@genesdigitales.com）
• 格雷格·辛格（singerg@tcd.ie）
• 尼古拉斯·勒诺维尔（lenov@ebi.ac.uk）

盐浓度方程改编自idt，工作来自Erik Clarke、Sesh Sundararaman和Calvin Morrison。