dnacurve 2019.1.1

要求

• CPython 2.7 or 3.5+
• Numpy 1.14
• Matplotlib 2.2

修订版

2019.1.1

更新版权年。

2018.8.15

将模块移动到dnacurve包中。

2018.5.29

添加从控制台启动Web界面的选项。 使用matplotlib oop接口。

2018.5.25

添加函数以字符串形式返回pdb和csv结果。

2018.2.6

样式和doctest修复。

2014.6.16

dnase i共识模型。

2013年11月21日

重叠块迭代器。

2013年11月17日 将最大序列长度限制为510个核苷酸。 读取简单的fasta序列文件。 将正坐标保存到pdb文件。 修正matplotlib 1.3的顺序显示。

2005.x.x

初始版本。

注释

api还不稳定，预计会在不同的版本之间发生变化。

算法、绘图和pdb格式不适合用于 长序列。默认情况下序列被截断为510个核苷酸， 可以被用户覆盖。

生成的pdb文件可以使用 UCSF Chimera。

参考文献

1. b-dna的弯曲和曲率计算。 好的，迪克森。核酸研究22，5497-5031994。 另请参见http://mgl.scripps.edu/people/goodsell/research/bend/
2. 无a-a的弯曲dna：所有16个dna楔形角的实验估计。 Bolshoy A等人美国国家科学院程序88，2312-61991。
3. 六种dna弯曲模型的比较。 Tan Rk和Harvey SC.J Biomol Struct Dyn 5，497-512，1987年。
4. 弯曲DNA：设计、合成和循环。 Ulanovsky L等人《美国国家科学院学报》83，862-61986。
5. b-dna的十个螺旋扭曲角。 Kabsch W，Sander C和Trifonov En。核酸研究10，1097-11041982。
6. dna的杆模型：序列相关的各向异性弹性模型 局部弯曲现象。 Munteanu MG等人《生物化学趋势》SCI 23（9），341-71998。

示例

>>> from dnacurve import CurvedDNA
>>> result = CurvedDNA('ATGCAAATTG'*5, 'trifonov', name='Example')
>>> result.curvature[:, 18:22]
array([[ 0.58061616,  0.58163338,  0.58277938,  0.583783  ],
       [ 0.08029914,  0.11292516,  0.07675816,  0.03166286],
       [ 0.57923902,  0.57580064,  0.57367815,  0.57349872]])
>>> result.save_csv('_test.csv')
>>> result.save_pdb('_test.pdb')
>>> result.plot('_test.png', dpi=160)