Python vcf_专题 - Python中文网

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关于vcf 相关联的Python项目和问题：

用于解析多个vcf文件的vcfutils

我有多个VCF文件，我需要实现的是根据定义的过滤器从VCF文件中提取一些行。。为了达到这个目的，我开始使用 import vcf import vcf.utils 这看起来很直截了当。但是我遇到了一 ...

2024-05-13 已阅读: n次

在python代码中使用ajax表单上载文件时vobject文件出错

我上传的vcf文件django的形式，并希望转换成vobject，但它会给出错误当我尝试使用以下代码时，它将工作 file = open('test.vcf', 'r') 但在下面的代码中，它不起作 ...

2024-05-13 已阅读: n次

在pytest中运行完整测试时会发生导入文件不匹配错误，但单独运行时通过测试

使用命令python -m pytest tests运行完整测试时，它会失败，并出现导入文件不匹配错误 import file mismatch: imported module 'test_simp ...

2024-05-13 已阅读: n次

PyVCF:检查空fi

我使用pyvcfpython包来解析vcf文件。这是读取vcf文件的命令： vcf_reader = vcf.Reader(open('file.vcf', 'r')) 在进入下游之前，我想检查一 ...

2024-05-13 已阅读: n次

python中如何正确调用带可选参数的函数

我是python的初学者，遇到了一个需要可选参数的函数的问题。此函数获取可变数量的文件路径作为参数，可以是2到n个参数。之后，一定数量的可选参数可以传递给这个函数。我试过做这样的事： def c ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何删除python中的新行字符？

我正在写一个vcf解析器，我已经打开了文件，但现在我需要解析他们的名字。文件显示“FN:John Smith；；；\n\r”我想取出\n和\r。有人能帮我吗？ ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python打印返回值可以是列表，也可以是in

我正在使用pyVCF读取VCF文件，返回的sample['AD']可以是list类[8, 14]或int类5。你知道吗如果我使用','.join(map(str,sample['AD']))，它将在 ...

2024-05-13 已阅读: n次

从两个目录获取输入

我尝试运行从两个不同目录获取输入的脚本。我现在写了这个脚本。它应该从vcf_directory获取1个输入，从snp_directory获取第2个输入，运行count_cases.py脚本并将其输出到 ...

2024-05-13 已阅读: n次

多列python-pandas的PCA分析

我有一个.vcf文件，在哪里 column1 = chrom column2 = pos column3 = ID column4 = reference column5 = Alt column6 ...

2024-05-13 已阅读: n次

子进程调用的重定向输出丢失？

我有一些Python代码大致如下所示，使用一些库，您可能有，也可能没有： # Open it for writing vcf_file = open(local_filename, "w") # D ...

2024-05-13 已阅读: n次

修改日志文件的名称以包含jobid

我正在尝试将规则名、通配符和外部作业id包含到管道的日志文件名中，以使调试过程更加顺利（例如：snakejob.<rulename>.<wildcard>.e<jobid ...

2024-05-13 已阅读: n次

SyntaxError:使用.format和for循环进行分析时出现意外的EOF

我试图做这个循环，但我得到这个错误，有什么建议吗？你知道吗 for file in glob.glob("results/dir_bam/*_dedup.bam"): f_name = file_ ...

2024-05-13 已阅读: n次

spliceai

拼接ai：一个基于深入学习的工具，用于识别拼接变体这个包用他们对剪接的预测效果注释遗传变异，如Jaganathan et al, Cell 2019 in press所述。安装安装拼接组件的最简 ...

2024-05-13 已阅读: n次

cyvcf2

cyvcf2 如果您使用cyvcf2，请引用paper 快速python（2和3）分析vcf和bcf，包括区域查询。 cyvcf2是围绕htslib构建的cython包装器，用于快速解析Varia ...

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vbtools

vbtools：一个用于比较vcf与一致性集的变体基准工具安装安装之前，请确保conda位于PATH下。conda安装here。 # clone this repo git clone git@g ...

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basevar

从超低通wgs数据调用变量。安装 pip install basevar 快速启动从多个bamfiles调用变量 basevar basetype -R reference.fasta ...

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Ypredict

#ypredict**ypredict**是一个基于python的软件包，可以预测y染色体的单倍型组。在这里，我使用calculate rank方法自动找到最有可能的y单峰群。对于每一个y单峰群，我根 ...

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mitt

Mitty是一个数据模拟器，旨在帮助调试校准器和变量打电话的人。它需要Python3.4或更高版本。它是在 Apache2.0许可证。功能从整个基因组、单个微小区域或根据需要设置区域如 ...

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23andme-to-vcf

#23和我到VCF 一个简单的命令行工具，用于将23andme原始数据文件转换为VCF格式。 #安装 ` pip install 23andme-to-vcf ` #用法 ` 23andme-to-v ...

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Pop-Con

Pop-Con：一种在现场频谱上可视化基因型分布的工具简介 pop-con是一个工具，用于从snp和indel变体的变体调用格式（vcf）文件[1]中可视化站点频谱（sfs）的基因型剖面。我们将基 ...

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gocli

这是一个专有软件包，可从[热那亚医学]获得，并且可以工作我们的[知识管理系统]。有关许可的详细信息，请与我们联系： info@genomoncology.com 可通过pypi下载的其他专有项目包 ...

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py1kgp

PY1KGP 用于处理1000个基因组数据的实用程序安装首先，请确保遵循了 pydbsnp。然后安装py1kgp 使用pip3： pip3 install py1kgp 或 pip3 insta ...

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pysvtools

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dnacol

彩色DNA/RNA碱基、蛋白质氨基酸编码和最终输出的质量分数关于这是一个python脚本，用于给终端中的dna、rna和蛋白质序列上色。如果使用dnacol调用，它将从stdin或文件中读取行 ...

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cyvcf

cyvcf 由@jamescasbon维护的pyvcf库的cython端口。这个项目的目标是提供一个非常快速的python库来解析和操作大型vcf文件。 cython被用来优化速度。这个版本比Py ...

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genmod

用于在变量调用格式（VCF）文件中注释遗传模式的工具。 ...

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stranger

陌生人用重复大小的病理含义注释ExpansionHunter的输出文件。安装 git clone github.com/moonso/stranger cd stranger pip instal ...

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svtyper

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vcfsyncer

vcfsyncer：同步多个vcf的包这是一种透明地使用单样本VCF的方法，就好像它们是多样本VCF。安装安装vcfsyncer最简单的方法是通过pip: pip install vcfsyn ...

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varify-client

#念给我听本文档应描述varify客户端包含的任何工具。 ##获取VCF 启动fetchvcf的命令行： fetchvcf.py-s sample1 sample2-r 1:1-100000，2:1 ...

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varex

以VCF格式上载各种数据，并提供一个浏览器界面，支持对这些数据的交互式探索。 ...

2024-05-13 已阅读: n次

ngsqc

在此添加简短描述！快速质量控制：快速质量控制，快速质量控制 BAMQC:质量图 vcfqc: 说明三种文件类型：fastq、bam和vcf，我们需要使用不同的工具来分析文件的质量。 fast_q ...

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