用于解析多个vcf文件的vcfutils

Question

我有多个VCF文件，我需要实现的是根据定义的过滤器从VCF文件中提取一些行。。为了达到这个目的，我开始使用

import vcf
import vcf.utils

这看起来很直截了当。但是我遇到了一些问题，如果有人看看并指导一下，以达到预期的输出，这将是非常好的。。在

VCF文件看起来是这样的，它有以#开头的行和我们需要的更晚的信息（有标题的几行和所需的行如下所示）

^{pr2}$

所以我用下面的python代码来获取我需要的信息

流动的代码段抛出错误消息

reader_BM_CR_ID = vcf.Reader(filename="sample/sam/sample.vcf", compressed=False)
writer_CR = vcf.Writer(open('same/sam/sample_filtered.vcf', 'w'), reader_BM_CR_ID)
 for variants in vcf.utils(reader_BM_CR_ID):

     for call in variants.samples:
           if call.sample == 'T':
                if call.data.FREQ >='20%':
                    if call.data.FREQ >'0%':
                         if call.data.FREQ !='100%':
                                if call.data.DP >=20:
        writer.write_record(id_var)   

错误信息

        TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-471-526e4c3bbab1> in <module>()
----> 1 for variants in vcf.utils(reader_BM_CR_ID):
      2 
      3          for call in variants.samples:
      4                if call.sample == 'T':
      5                     if call.data.FREQ >='20%':

TypeError: 'module' object is not callable

任何帮助都是非常感谢的。。！！在

Answer 1

您试图将module称为function。在

Python对此进行了仔细的报告：

TypeError: 'module' object is not callable