cyvcf 0.1.16

cyvcf

由@jamescasbon维护的pyvcf库的cython端口。

这个项目的目标是提供一个非常快速的python库来解析和操作大型vcf文件。 cython被用来优化速度。这个版本比PyVCF快大约4倍。 而且解析速度基本上是由C语言和C语言库提供的。

当前的功能和接口与此处的文档相同：http://pyvcf.rtfd.org/

安装

python setup.py build python setup.py install

测试

python setup.py test

基本用法

>>> import cyvcf
>>> vcf_reader = cyvcf.Reader(open('test/example-4.0.vcf', 'rb'))
>>> for record in vcf_reader:
...     print record
20  14370   G       A       29.0    .       H2=True;NS=3;DB=True;DP=14;AF=0.5       GT:GQ:DP:HQ     0|0:48:1:51,51  1|0:48:8:51,51  1/1:43:5:.,.
20  17330   T       A       3.0     q10     NS=3;DP=11;AF=0.017     GT:GQ:DP:HQ     0|0:49:3:58,50  0|1:3:5:65,3    0/0:41:3:.
20  1110696 A       G,T     67.0    .       AA=T;NS=2;DB=True;DP=10;AF=0.333,0.667  GT:GQ:DP:HQ     1|2:21:6:23,27  2|1:2:0:18,2    2/2:35:4:.
20  1230237 T       .       47.0    .       AA=T;NS=3;DP=13 GT:GQ:DP:HQ     0|0:54:7:56,60  0|0:48:4:51,51  0/0:61:2:.
20  1234567 GTCT    G,GTACT 50.0    .       AA=G;NS=3;DP=9  GT:GQ:DP        ./.     0/2:17:2        1/1:40:3