基因组数据模拟器

mitt的Python项目详细描述


Mitty是一个数据模拟器,旨在帮助调试校准器和变量 打电话的人。

它需要Python3.4或更高版本。它是在 Apache2.0许可证。

功能

  • 从整个基因组、单个微小区域或 根据需要设置区域
  • 如果vcf-gt域是 正确设置
  • 读取qname存储正确的pos、雪茄和变型的大小 包含在阅读内容中
  • 所读样本名称,允许我们从 不同的模拟/源
    • 可将病毒污染混入读数中
    • 可进行肿瘤/正常混合
  • 损坏模块将顺序错误添加到读取中
    • 可以从现有的BAM文件
    • 中读取读取模型
  • “上帝校准器”写出了一个BAM与完美的校准器,可以是 用于BAM比较
  • 利用snps和different生成vcf的简单基因组模拟器 对齐器/呼叫者测试的插入和删除大小
  • 使用可组合的分析功能分析、绘制和调试对齐精度

教程和使用手册可以找到here

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