用于处理1000个基因组数据的实用程序
py1kgp的Python项目详细描述
PY1KGP
用于处理1000个基因组数据的实用程序
安装
首先，请确保遵循了
pydbsnp。然后安装py1kgp
使用pip3：
pip3 install py1kgp
或
pip3 install --user py1kgp
对于完整的功能，您应该适当地设置环境变量
PY1KGP_DIR。例如，您可以将其添加到您的.bash_profile：
exportPY1KGP_DIR=<path to directory of your choice>
示例
importpy1kgppy1kgp.Variant('rs10')py1kgp.Variant(id='rs10')py1kgp.Variant(7,92383888)py1kgp.Variant(chrom=7,pos=92383888)py1kgp.fast_genotypes(7,92383888)py1kgp.fast_genotypes(7,92383888,samples='NA21142,NA21143,NA21144')py1kgp.fast_maf(7,92383888)py1kgp.slice_vcf(1,1000000,2000000)py1kgp.slice_vcf(1,1000000,2000000,samples='NA21142,NA21143,NA21144')py1kgp.slice_vcf(1,1000000,2000000,samples='AFR')py1kgp.slice_vcf(1,1000000,2000000,samples='samples.panel')
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