pyDNase 0.3.0

简介

pydnase是一套分析dnase seq数据的工具-pydnase附带了几个分析脚本，涵盖了dnase seq分析的几个常见用例，还实现了惠灵顿、惠灵顿1d和惠灵顿bootstrap足迹算法。

可以找到一个易于理解的dnase seq示意图教程here，并且可以访问完整的文档here

API

目前，许多分析dnase-seq数据的人使用的工具是为chip-seq工作而设计的，但对于dnase-seq数据来说可能不合适，因为人们对序列片段的重叠不太感兴趣，但是切割发生的位置（对齐序列片段的5'最末端）。

Pydnase有一个底层的API，用于与来自DNA序列实验的已排序和索引的BAM文件进行接口，从而允许从任何基因组位置（例如，

>>> import pyDNase
>>> reads = pyDNase.BAMHandler(pyDNase.example_reads())
>>> reads["chr6,170863500,170863532,+"]
{'+': [0,0,0,1,0,0,1,1,2,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,1,1,0,0,0,1],
 '-': [0,10,1,0,1,0,4,9,0,1,0,2,1,0,0,0,0,0,3,0,6,3,0,0,0,1,1,1,3,0,3,6]}

查询BAMHandler对象将返回一个字典，其中包含在正引用链（＋）上具有dnase cut计数，在负引用链（－）上具有cut计数的列表。pydnase有效地缓存查询到的切割数据，这样来自同一基因组位置的多个请求不需要从bam文件中重复查找（这可以被禁用）。有关详细信息，请参阅完整文档。

安装

要安装pydnase，请运行：

$ pip install pyDNase

有关完整文档，请转到：http://pythonhosted.org/pyDNase/

支架

如果你有任何困难，请发邮件到j.piper@me.com，我会尽力帮助你。如果您发现任何错误，请在github repo上提出问题。如果你需要更多关于DNA序列或ATAC序列数据分析的正式培训，我可以提供咨询服务。同样，如果你是一个商业实体寻找支持合同，请联系。

贡献

我高度鼓励大家的贡献！这是我的第一个软件开发项目-以这种方式发送任何请求。我对任何人写的很酷的分析脚本都特别感兴趣。

参考

许可证

版权所有（c）2015 Jason Piper。这项工作是在麻省理工学院的许可下授权的，详情见LICENCE.TXT。如果您需要在不同许可证下使用本软件，请发电子邮件至j.piper@me.com。