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关于reads 相关联的Python项目和问题：

OpenCV显示灰风

我正在尝试使用OpenCV显示图像。我有以下非常基本的代码： import cv2 img = cv2.imread('myimage.png', 0) # Reads a Gray-scale ...

2024-04-29 已阅读: n次

缓存应用中Redis与磁盘的性能比较

我想用python创建一个redis缓存，作为一个自尊的科学家，我做了一个基准来测试性能。有趣的是，redis的表现并不那么好。要么是Python在做一些神奇的事情（存储文件），要么是我的redis ...

2024-04-29 已阅读: n次

函数从文件中读取json数据并将t转换为列表

我可以编写什么代码从保存的json文件中读取python数据，然后将其转换为列表以下是一些示例代码： def read_json_file(filename): """ rea ...

2024-04-29 已阅读: n次

在起始字符python上每隔n个字符对字符串进行拆分和解析（到新文件）

我在previous post中要求了一个更通用的方法来解决这个问题，但是我一直在试图把结果解析成单独的文件。我想迭代一个长字符串，从位置1（python0）开始，每100个字符打印一次。然后，我想移 ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何向csv fi添加新的数据列

我正在将csv文件读入变量data，如下所示： def get_file(start_file): #opens original file, reads it to array with o ...

2024-04-29 已阅读: n次

Pandas+团购

数据集包含4列，其中name是孩子的名字，yearofbirth是孩子出生的年份，number是用这个名字命名的婴儿的数量。你知道吗 For example, entry 1 reads, in ...

2024-04-29 已阅读: n次

用Python继续扩展

我想给一个程序添加一个函数，这个程序用接收一个contig（inco=initial contig；dna sequence）的dna序列创建字典，并通过在字典中查找以键形式重叠的部分，并将值与“+” ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何用Python将这个列表转换成字典？

我有一张这样的单子： paths = [['test_data', 'new_directory', 'ok.txt'], ['test_data', 'reads_1.fq'], ['test_da ...

2024-04-29 已阅读: n次

应用操作中的pandas groupby添加列

给定这样的数据帧 chrom first_bp_intron last_bp_intron unique_junction_reads chr1 100 200 10 chr1 10 ...

2024-04-29 已阅读: n次

蛇人使用错误的环境

我正在从shell脚本调用Snakemake工作流。但首先我需要激活一个包含snakemake和其他已安装库的环境 source ${CONDA_HOME}/etc/profile.d/conda. ...

2024-04-29 已阅读: n次

读取JSON文件并将其格式化为CSV

我必须读取一个json文件并提取数据以生成一个CSV文件。你知道吗服务器是Redhat7，python是Python2.7.5 import time import os import sys im ...

2024-04-29 已阅读: n次

图形绘制中的图例重叠

我有一个数据帧如下（经过大量预处理后获得）请查找数据帧 d = {'token': {361: '180816_031', 119: '180816_031', 101: '180816_031', ...

2024-04-29 已阅读: n次

fastq-anonymous

更改fastq文件的序列和标识符以启用故障排除的机密信息安装 pip install fastq-anonymous 用法从stdin读取并写入stdout。序列默认为替换为随机核苷酸 ...

2024-04-29 已阅读: n次

capture-assembler

捕获序列汇编程序 capture是一种从超高覆盖率样本中恢复完整基因组的汇编程序。存储库是一个正在进行的工作，汇编程序还不能正常工作。谢谢你的关心，很快回来！安装 capture需要安装以 ...

2024-04-29 已阅读: n次

filter-classified-reads

过滤分类读取使用kraken2/离心分类结果筛选感兴趣分类单元的读数。免费软件：apache软件许可证2.0 文档：https://filter-classified-reads.rea ...

2024-04-29 已阅读: n次

tigmint

使用链接读取纠正错误装配在生成分子较少的位置切割序列。作者：shaun jackman、lauren coombe和justin chu。 biorxiv doi:10.1101/304253· ...

2024-04-29 已阅读: n次

NanoFilt

纳米过滤器长读序列数据的过滤和裁剪。对质量和/或读取长度进行过滤，并在通过过滤器后进行可选微调。从stdin读取，写入stdout。可以选择直接从命令行上指定的未压缩文件中读取。打算使用 ...

2024-04-29 已阅读: n次

Lepsius

读取实时日志。此包Python名称：Lepsius 目前版本： Lepsius 0.0.1 最后维护时间：Feb 10, 2016 ...

2024-04-29 已阅读: n次

HIFI-SE

Hifi-Barcode-SE400 bgiseq-500平台已经推出了一种新的测试测序试剂盒，能够进行单端400 bp测序（se400），这为高效实现dna条形码提供了一种简单可靠的方法。本研究探讨 ...

2024-04-29 已阅读: n次

NanoLyse

#nanolyse从fastq文件中删除对lambda噬菌体基因组的读取映射。此脚本使用了heng li的[minimap2]和他的[mappy]python绑定。[！[推特网址]（https://i ...

2024-04-29 已阅读: n次

InSilicoSeq

InsilicoSeq 测序模拟器 insilicoseq是一个序列模拟器，可以产生真实的illumina读数。主要用于模拟亚基因组样本，也可用于从单个基因组产生测序数据。 inslic ...

2024-04-29 已阅读: n次

ec2tagread

读取ec2实例中的ec2标记此包Python名称：ec2tagread 目前版本： ec2tagread 0.2 最后维护时间：J ...

2024-04-29 已阅读: n次

TreeToReads

#treetoreads从真实的系统发生学中生成下一代测序读取的模拟管道。可用于测试进化模型、进化率、突变的基因组分布、样本和参考基因组的系统发育关系对snp调用和进化推断的影响。输入是一种系统发育， ...

2024-04-29 已阅读: n次

binlorr

货车 BinLorry是一种灵活的工具，用于将排序和过滤顺序读入不同的文件。读取可以通过编码在头文件中、记录在csv文件中或按长度的任何属性进行分类和过滤。安装只需使用pip安装即可： pip3 ...

2024-04-29 已阅读: n次

sim-reads

2024-04-29 已阅读: n次

bovespa

读取Bovespa历史报价文件此包Python名称：bovespa 目前版本： bovespa 0.1.0 最后维护时间：Mar ...

2024-04-29 已阅读: n次

pyDNase

简介 pydnase是一套分析dnase seq数据的工具-pydnase附带了几个分析脚本，涵盖了dnase seq分析的几个常见用例，还实现了惠灵顿、惠灵顿1d和惠灵顿bootstrap足迹 ...

2024-04-29 已阅读: n次

ProkaryoteAssembl

原核生物组装两个简单的脚本组装原核基因组使用成对的末端读取。管道概述 qc on reads with bbduk.sh（适配器微调/质量过滤）用tadpole.sh纠正读取错误用skesa ...

2024-04-29 已阅读: n次

setuppycheck

检查setup.py文件中的可疑操作。圆周率：https://pypi.python.org/pypi/setuppycheck Githubhttps://github.com/msabr ...

2024-04-29 已阅读: n次

IsoCon

isocon==isocon作为一个python包分发，在linux/osx上受支持，python v>；=2.7、3.4-3.6、3.5-dev和3.6-dev[！[构建状态]（https:/ ...

2024-04-29 已阅读: n次

filter-illumina-index

#filterúilluminaúu index##根据索引序列筛选illumina FASTQ文件。读取illumina FASTQ文件，并将序列标识符的`sample number`位置中的序列索 ...

2024-04-29 已阅读: n次

q2-itsxpress

作者 Adam R.Rivers，美国农业部，农业研究处凯尔·C·韦伯，美国农业部，农业研究处引文里弗斯AR、韦伯KC、加德纳TG等。itsXpress：快速修剪的软件具有标 ...

2024-04-29 已阅读: n次