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关于dna 相关联的Python项目和问题：

原生Python中的DNA序列比对（没有生物球）

我有一个有趣的遗传学问题，我想用原生Python解决（除了标准库之外什么都没有）。这是为了使解决方案非常容易在任何计算机上使用，而不需要用户安装额外的模块。在给你。我收到了来自454个新一代测序的1 ...

2024-04-29 已阅读: n次

如果行以字母表中的任何字母开头，则打印行

我正试图在我的python程序中打印我所有的爬行动物亚种。我有一个文本文件，里面有一堆亚种和它们的DNA序列ID。我只想创建一个亚种（键）和它们各自的DNA序列id（值）的字典。但要做到这一点，我首先 ...

2024-04-29 已阅读: n次

在Python中将文件转换为二进制代码

我想把一个项目的文件转换成二进制文件，最好是使用Python，因为我对它最熟悉，不过，如果仔细检查，我可能会使用另一种语言。在基本上，我在一个项目中需要这个项目，我们想用DNA链存储数据，因此需要以 ...

2024-04-29 已阅读: n次

罗莎琳德：重叠图

我在罗莎琳德身上遇到了一个问题，我认为我已经正确地解决了，但是我被告知我的答案是不正确的。问题可以在这里找到：http://rosalind.info/problems/grph/ 这是基本的图论，更 ...

2024-04-29 已阅读: n次

定义一个计算氨基酸相对频率的函数

我在计算给定DNA序列中的密码子频率。例如： sequence = 'ATGAAGAAA' codons = ['ATG', 'AAG', 'AAA'] 对于密码子中的XX： frequency ...

2024-04-29 已阅读: n次

以in-if语句结尾和开头：Python 3

我是python新手，我必须创建一个程序来验证DNA序列。（关于DNA序列的背景非常迅速）为了有效： •字符数可被3整除 •前3个字符是ATG •最后3个字符是TAA、TAG或TGA。我的问题是 ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何计算文本字符串的多序列对齐

我正在写一个程序，它必须计算一组字符串的multiple sequence alignment。我想用Python来实现，但如果更实用的话，我可以使用一个外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强 ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何利用生物ython的翻译功能跟踪起始密码子（ATG）在核苷酸序列中的位置？

我有一个FASTA文件，其中有一组序列，格式如下： BMRat|XM_008846946.1 ATGAAGAACATCACAGAAGCCACCACCTTCATTCTCAAGGGACTCAC ...

2024-04-29 已阅读: n次

CS50（2020）PSET6 DNA索引器错误：列表索引超出范围

这对我来说是一个非常困难的问题，我甚至很难找到工作。此时，这就是我的代码的样子；我甚至无法判断它是否输出任何内容，因为我无法让它在没有错误的情况下运行 import csv from cs50 imp ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何在Python中将二进制文件读取为十六进制？

我想读取一个十六进制格式的数据文件： 01ff0aa121221aff110120...etc 这些文件包含100.000个这样的字节，有些超过了1000.000（它们来自DNA测序）我尝试了以下 ...

2024-04-29 已阅读: n次

列表分配索引超出代码python的范围？

我一直在找工作 IndexError: list assignment index out of range. 第78行的错误编写此代码是为了在生物信息学中找到motif DNA 我们如何 ...

2024-04-29 已阅读: n次

AttributeError:“numpy.ndarray”对象没有“split”属性

我想回答下列问题 “一位同事制作了一份文件，每行有一个DNA序列。下载文件并使用numpy.loadtxt（）将其加载到Python中。您需要使用可选参数dtype=str来告诉loadtxt（）数据 ...

2024-04-29 已阅读: n次

prymer

设计并返回输入DNA序列的引物序列。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

glcr

该模块实现了通用的最长公共子序列算法，用于数字dna模块计算公共dna子序列。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

decontam

去污成对末端dna测序数据此包Python名称：decontam 目前版本： decontam 0.0.1 最后维护时间：Feb ...

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vica

作者 Adam R.Rivers，美国农业部，农业研究处张庆鹏，美国能源部，联合基因组研究所 Susannah G.Tringe，美国能源部，联合基因组研究所简介 VICA设计用 ...

2024-04-29 已阅读: n次

libnano

libnano是beta版的核酸工具包用于处理dna序列的低级python模块它的开发目的是在特定于应用程序的库中用作COG，同时避免膨胀。<；br/>；目标是要快，所以大 ...

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pwmscan

根据脉冲宽度调制扫描DNA序列此包Python名称：pwmscan 目前版本： pwmscan 0.0.1 最后维护时间：Jan ...

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kappagate

kappagate是一个python库，建立在kappy之上，以python的方式使用kappa语言（用于模拟生物复合过程），使用python对象定义代理和规则，并使用一些方法用于绘制复合物和时间序 ...

2024-04-29 已阅读: n次

ulutil

#Ulutil这是我在教堂实验室研究过程中发现的有用工具的集合。它是“vdj”包的上游依赖项，用于生成许多数字，等等。安装`` bashpip install ulutil````or`` bashg ...

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seqdetect

seqdetect是一个命令行程序，它给出了问题的答案：我有DNA序列但是里面有什么？这个软件获取一个DNA序列，并在 genbank格式。它通过对序列进行爆破并提取特征信息来实现从genba ...

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fdstools

下一代法医DNA标记测序的数据分析工具，包括PCR口吃制品的特征和过滤工具其他系统性噪声，用于自动检测样本中的等位基因。 ...

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DnaWeaver

…原始：：html<；p align="center">；<；img alt="DNA编织者徽标"title="DNA编织者徽标" src="https://raw.githubus ...

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revtrans

名称revtrans-执行肽对齐的反向转换从pepfile发送一组对齐的肽序列，并使用来自dna file的相应dna序列来构建对齐的反向翻译版本。ptide序列是通过翻译找到的。在典型情况下，这意味 ...

2024-04-29 已阅读: n次

fastachar

具有图形用户界面的简单python模块它允许将一组排列的DNA序列与另一组排列好的DNA序列。可以指定不同的操作，例如find 差异或对应。 ...

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MOODS-python

moods python 1.9.4.1 motif出现检测套件 https://www.cs.helsinki.fi/group/pssmfind/ 从pypi安装安装mood的最快方法是使用pi ...

2024-04-29 已阅读: n次

taskpacker

任务打包程序图片：：https://raw.githubusercontent.com/edinburgh genome foundry/taskpacker/master/docs/_static/ ...

2024-04-29 已阅读: n次

snps

单核苷酸多态性用于读取、写入、合并和重新映射snp的工具能力从各种直接对消费者（dtc）dna检测源中读取原始数据（基因型）文件读取和写入构建36、37和38的vcf文件（例如，将2 ...

2024-04-29 已阅读: n次

lineage

沿袭沿袭提供了一个分析从直接到消费者的基因型（原始数据）文件的框架（dtc）dna检测公司，主要用于基因谱系研究。功能 ...

2024-04-29 已阅读: n次

mbin

mbin概述 mbin：一个基于甲基化的亚基因组smrt测序binning框架读取 mbin管道的设计是为了发现亚基因组smrt测序读取中dna甲基化的独特信号，并利用它们将组装好的conti ...

2024-04-29 已阅读: n次

sourmash

苏尔马什计算核苷酸（dna/rna）和蛋白质序列的minhash特征。用法： sourmash compute *.fq.gz sourmash compare *.sig -o dist ...

2024-04-29 已阅读: n次

co

一氧化碳 co是一个用于更改带注释的dna序列的python库。它跟踪部件和升降机当一个组件通过应用一系列的变异而“变异”时，超过了特征注释。使用co您可以为克隆生物建立新的一致性序列，并跟踪 ...

2024-04-29 已阅读: n次