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关于seq 相关联的Python项目和问题：

连接生成器和项

我有一个生成器（数字）和一个值（数字）。我想重复这些，就好像它们是一个序列： i for i in tuple(my_generator) + (my_value,) 问题是，就我所知，这只会创建3 ...

2024-04-19 已阅读: n次

使用python替换特定行中的字符串

我正在编写一个python脚本，用特定的扩展名（.seq）替换目录中每个文本文件的字符串。替换的字符串应该只来自每个文件的第二行，并且输出是一个新的子目录（称为clean），其文件名与原始文件相同，但 ...

2024-04-19 已阅读: n次

如何在Python中找到一个开放的阅读框架

我使用Python和正则表达式来查找ORF（打开阅读框）。查找子字符串仅由字母ATGC（无空格或新行）组成的字符串，该字母：以ATG开头，以TAG或TAA或TGA结尾，应考虑从第一个字符开始的序列 ...

2024-04-19 已阅读: n次

缩进错误：意外的不缩进为什么？

缩进错误：意外的不缩进为什么？？？ #!/usr/bin/python import sys class Seq: def __init__(self, id, adnseq, colen): ...

2024-04-19 已阅读: n次

如何在PyQ中为QTableView创建过滤器

我正在使用QTableView显示从QtSql.QSqlQuery检索到的数据我想知道如何像在excel中一样为它创建过滤器。在上面的图片中，我需要得到所有heders的过滤器（Sh_Code， ...

2024-04-19 已阅读: n次

用python进行串行数据记录

简介：我需要写一个小程序，实时读取串行数据并将其写入文本文件。我在读取数据方面取得了一些进展，但在将这些信息存储到新文件中方面还没有取得任何成功。这是我的代码： from __future__ i ...

2024-04-19 已阅读: n次

如何有效计算运行中值

我借了一些代码来实现一个函数来计算大量数据的运行中值。当前的一个对我来说太慢了（棘手的部分是，我需要从运行框中排除所有零）。下面是代码： from itertools import islice fr ...

2024-04-19 已阅读: n次

如何使用Pandas groupby在组中添加连续计数列

我觉得有比这更好的办法： import pandas as pd df = pd.DataFrame( [['A', 'X', 3], ['A', 'X', 5], ['A', 'Y', 7] ...

2024-04-19 已阅读: n次

在python 3中将映射对象转换为numpy数组

在Python 2中，我可以执行以下操作： import numpy as np f = lambda x: x**2 seq = map(f, xrange(5)) seq = np.arr ...

2024-04-19 已阅读: n次

fnmatch如何准确地实现seq模式中的match-any字符

所以我有一个os.walk代码 search = self.search.get_text() top = '/home/bludiescript/tv-shows' for dirpath, dir ...

2024-04-19 已阅读: n次

Scapy DNS请求格式错误，只有TCP

我使用scapy和python构建DNS请求。UDP请求没有问题，但是当我想使用TCP（与UDP完全相同的请求）时，Wireshark说我的DNS请求格式错误。在这里是我的python代码： fro ...

2024-04-19 已阅读: n次

如果字符串有重叠区域，则将其连接起来

我正在尝试编写一个脚本，它将在每个字符串的开头或结尾找到共享5个字母的重叠区域的字符串（如下例所示）。在 facgakfjeakfjekfzpgghi pgghiae ...

2024-04-19 已阅读: n次

thoipap

Thoippy 跨膜同二聚体界面预测算法（thoipa）是一种用于蛋白质相互作用分析的机器学习方法。 Thoipa仅从进化序列信息预测TM同二聚体界面残基。 thoipa的设计是为了补充实验方法， ...

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NucleoATAC

用atac seq调用核小体的python包此包Python名称：NucleoATAC 目前版本： NucleoATAC 0.3.4 ...

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multifastadb

multifastadb将索引的fasta文件的集合显示为单个来源。其目的是简化对分布在多个文件中的序列。 $pip安装多数据库 $python >>> from multifa ...

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views

views–生成器和序列的有效工具 ^ {tt1}$模块为现有的Python理解和生成器表达式提供了补充。（链式）序列视图可以使用seq生成，生成器可以使用gen链式生成，如下例所示。欢迎任何反 ...

2024-04-19 已阅读: n次

tobias

通过研究ATAC序列信号预测Tobias转录因子占有率简介 atac-seq（利用高通量测序对转座子可及染色质进行分析）是一种用于研究全基因组染色质可及性的测序分析。该分析应用TN5转座酶将测序 ...

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benchlingapi

说明==benchling提供了一种方便的方式来存储整个实验室的dna序列（质粒、引物、pcr片段等）。此repo为提出benchling api请求提供了一个方便的包装器。原始：html<；u ...

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seq-tools

#py seq tools用于处理生物序列、对齐和格式的免费python库。这些库是au公共脚本的一部分，我还没有很好地记录它们。这里的目标是将它们放入一个包中，并使它们得到更好的文档记录。从长远来看 ...

2024-04-19 已阅读: n次

nebgb

用法： >>> import nebgb >>> rec = nebgb.parse_file("./test/data/simple-1.gb").next() ...

2024-04-19 已阅读: n次

cykooz.sequence

此项目是gocept.sequence的分支（http://pypi.python.org/pypi/gocept.sequence/）最初由丹尼尔·哈夫利克和塞巴斯蒂安·韦尔曼创作。 cykoo ...

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good-smell

好闻-这让你的代码好闻！ python最佳实践和鲜为人知的技巧的linting/refactoring库这个工具试图通过使用您可能不知道的语言功能和标准库函数来查找一些代码，这些代码可能会 ...

2024-04-19 已阅读: n次

python3-ping

使用原始套接字的纯python ping实现。注意，ICMP消息只能从以根用户身份运行的进程发送（在Windows中，必须以“管理员”身份运行此脚本）。来自Matthew Dixon Cowle ...

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sortseq

sortseqtools是用于分析排序序列的软件包，大规模平行报告分析、深蛋白突变分析和selex-seq 实验。有关使用和安装此软件包的帮助，请参阅我们的论文 github示例和sortseq_ ...

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madplot

这个项目旨在促进在python中使用madx。它包含以下内容主要部件： madx api：生成、分析和运行madx脚本。 plot api：以各种格式打印madx输出。 utilities：例如， ...

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co

一氧化碳 co是一个用于更改带注释的dna序列的python库。它跟踪部件和升降机当一个组件通过应用一系列的变异而“变异”时，超过了特征注释。使用co您可以为克隆生物建立新的一致性序列，并跟踪 ...

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episcanp

episcanpy–python中的表观基因组学单细胞分析 episcanpy是一个分析单细胞开放染色质（scatac seq）和单细胞dna甲基化（例如scbs seq）数据的工具包。episc ...

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seriesoftubes

系列主题 solexa芯片seq数据的扩展管道 ...

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chipseqpeaks

Chipseq峰值一个macs2的包装器，它可以抽象出一些东西并使其更易于使用。感谢邱华华的启发和贡献。 Warning: Before using chipseqpeaks, please m ...

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lazyseq

lazyseq是一个实现单个类LazySeq的简单库，它提供一个可以像不可变列表一样使用的延迟计算序列。你可以把它看作是克洛朱尔的一个Python版本 Seq。LazySeq的主要用途是包装生 ...

2024-04-19 已阅读: n次

parris

H1> PARRIS：用Iso Seq 分析和注释循环RNA 开始安装 ^ STR 1 } $ PARRIS<<强>是用^ {CD1>}编写的，请使用^ {CD2>}来安装^ {STR 1 } $ ...

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coccigrep

简介 coccigrep是基于coccinelle的c语言语义grep。（http://coccinelle.lip6.fr）。它可以用来查找给定的结构用于代码文件。coccigrep依赖于sp ...

2024-04-19 已阅读: n次