Python 基因组_专题 - Python中文网

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关于基因组相关联的Python项目和问题：

转换为二进制文件时发生Plink错误：.ped文件的第1行的标记比预期的少

我能在这里得到帮助吗？在plink（全基因组关联分析工具集）从“ped”、“map”格式转换为二进制对应的“bed”、“bim”、“fam”时，有人遇到过以下错误吗？我使用的是Linux和plinkv ...

2024-04-26 已阅读: n次

python中大文件的高效文件缓冲和扫描方法

对我遇到的问题的描述有点复杂，我在提供更完整的信息方面会犯错误。对于不耐烦的人，下面是我最简单的总结： What is the fastest (least execution time) ...

2024-04-26 已阅读: n次

Python程序问题

因此，我已经为这个python代码工作了几天了。我在试着解码我以前做的零一码。简单地说，它隐藏了基因组密码。。。你知道吗 binary = raw_input ('Enter binary code: ...

2024-04-26 已阅读: n次

使对象支持“in”

我有一种叫做“基因组定位”的物体。我想为那个对象支持“in”操作，这样我就可以写了 genomic_location1 in genomic_location2 如果满足某些条件。你知道吗这可能 ...

2024-04-26 已阅读: n次

基因组fi上的文件操作

我有一个基因组文件（大小：~840MB和13801301行），格式如下：基因组.txt'） >SL3.0ch00 AATAATAATAATAATAATAATAATAAATAAATAAATAAAT ...

2024-04-26 已阅读: n次

向行添加值列表，然后将数据帧转换为长格式

我有一个数据框，索引是基因组位置，值是p值： import pandas as pd from StringIO import StringIO from collections import def ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何将probeset与基因组对齐以进行exat匹配？

有没有一种方法可以让我将一个probeset与一个参考基因组进行比较，并处理ExExxt唯一匹配？i、 e.人类基因组的25bg序列列表 ...

2024-04-26 已阅读: n次

非方输入矩阵在卷积自编码中的应用

有没有可能用非方（矩形）输入矩阵来训练卷积自动编码器（CAE）？我在CAE上学习的所有教程和资源似乎都使用了正方形图像。我处理的数据不是图像。我有几百个单细胞，每个细胞都有一个矩阵（基因组数据），有成 ...

2024-04-26 已阅读: n次

scikitbio从gff3 fi中提取基因组特征

在scikit bio中，是否可以从基因组fasta文件中提取存储在gff3格式文件中的基因组特征？在示例：在基因组.fasta在 >sequence1 ATGGAGAGAGAGAGAGA ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何在biopython entrez.esearch中下载完整的基因组序列

我只需要从NCBI（GenBank（full）格式）下载完整的基因组序列。我感兴趣的是‘全基因组’而不是‘全基因组’。我的剧本： from Bio import Entrez Entrez.emai ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何改变数百个基因组中的染色体名称？

我有一百个基因组和.bed文件。我想更改每个基因组的染色体名称（出现在第一列），用物种ID（3个字符）加上MscanX程序的序列号来比较同线区域当前的bed文件有多种格式。。。染色体数目也不同例如 ...

2024-04-26 已阅读: n次

'如何在BioPython中识别基因的编码框架'

我正在使用BioPython循环浏览GenBank文件中打开的阅读框架。更具体地说，我考虑GenBank中注释为“cd”的特性。所以我的代码类型是： from Bio import SeqIO gbk ...

2024-04-26 已阅读: n次

pyliftover

Pyliftover是一个库，用于在不同程序集之间快速轻松地转换基因组（点）坐标。它使用与ucscliftOver tool相同的逻辑和坐标转换映射。从当前版本（0.2）开始，pyliftove ...

2024-04-26 已阅读: n次

genomelake

#基因组标记[！[Circleci]（https://circleci.com/gh/kundajelab/genomelake.svg？style=svg）（https://circleci.com ...

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pygenome

pygenome 通过蟒蛇利用酵母基因的强大力量！pygenome提供了访问Saccharomyces cerevisiae 巨蟒的基因组。Genes， promoters， termi ...

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ppanini

ppanini（通过自动化数据网络集成对新的和重要的基因的功能注释进行优先排序和预测）提供了一个计算管道，根据微生物基因的亚基因组特性（如流行率和丰度）对其进行优先排序。然后，可以使用我们的可视化工具 ...

2024-04-26 已阅读: n次

humann2

human2是一个管道，用于从亚基因组数据中高效、准确地确定群落中微生物途径的覆盖范围和丰度。对一个亚基因组进行测序通常会产生数百万个短的dna/rna读取。这一过程被称为功能分析，旨在描述微生物群落 ...

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arv

arv-一个用于python的快速23andme解析器 arv（挪威语；"heritage"或" ...

2024-04-26 已阅读: n次

paplot

paplot输出由javascript（使用d3.js，https://d3js.org/）和html描述的文件。这些交互式图形允许用户根据需要对可视化内容进行过滤、聚焦和排序，而无需重新执行具有不 ...

2024-04-26 已阅读: n次

refgenie

标准化参考基因组资源管理器。请参阅documentation。 ...

2024-04-26 已阅读: n次

gaet

基于基因的装配评估工具-评估单个装配或使用批注比较两个程序集。开始 pip install [--user] gaet gaet assembly.gff gaet --reference r ...

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genetables

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pyani

readme.md（pyani）概述安装 docker图像测试pyani 运行Pyani 脚本：average_nucleotide_identity.py 脚本：genbank_ ...

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instagraal

安装基于hi-c数据的大基因组重组（graal的继续和部分重写）和支架后抛光库。这项工作正在不断发展/改进中-有关基本原则的信息，请参见graal。安装从pypi安装： s ...

2024-04-26 已阅读: n次

bio-hansel

包括肠道沙门氏菌属、肠道血清型海德堡、肠炎和伤寒亚型的计划。还包括结核分枝杆菌计划。由Genevi_ve Labbé、James Robertson、Peter Kruczkiewicz、Maris ...

2024-04-26 已阅读: n次

dEploid

二倍体是为解卷积未知比例的混合基因组而设计的。传统的“分期”计划仅限于二倍体生物。我们的方法用马尔可夫链monte修正了li和stephen算法 carlo（mcmc）方法，并构建一个允许halo ...

2024-04-26 已阅读: n次

omics_pipe

OMics Pipe是一个开放源代码的模块化计算平台，它自动化了自然协议和其他常用管道（如GATK）中发布的“最佳实践”多OMics数据分析管道。目前，它为两条rnaseq和mirnaseq管道、全外 ...

2024-04-26 已阅读: n次

vbtools

vbtools：一个用于比较vcf与一致性集的变体基准工具安装安装之前，请确保conda位于PATH下。conda安装here。 # clone this repo git clone git@g ...

2024-04-26 已阅读: n次

baseqSNV

#基qsnv 这个软件包包GATK4和mutect2用于从基因组测序数据预测SNV。 ##安装baseqsnv 我们需要python3和一个名为：baseq_drops的软件包，可以通过以下方式安装： ...

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seqseek

SeQueSo[！[构建状态]（https://travis-ci.org/23andme/seqseek.svg？branch=master）]（https://travis ci.org/23an ...

2024-04-26 已阅读: n次

goldilocks

这是什么？ goldilocks 是一个python包，提供定位"有趣"的功能 "有趣"的一些定义的基因组区域。你可以把它导入脚本，传递序列数据并搜索符合某些 ...

2024-04-26 已阅读: n次

mitt

Mitty是一个数据模拟器，旨在帮助调试校准器和变量打电话的人。它需要Python3.4或更高版本。它是在 Apache2.0许可证。功能从整个基因组、单个微小区域或根据需要设置区域如 ...

2024-04-26 已阅读: n次

Python 基因组

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