Python 代谢物_专题 - Python中文网

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关于代谢物相关联的Python项目和问题：

增加新的GPR反应

我有一个模型，想给它添加一个全新的路径。一些代谢物已经存在于模型中，其他的必须被创建。我还必须使用模型中尚未出现的基因来添加GPRs。你知道吗我找到了函数addReaction，但使用时总是出现错误 ...

2024-04-30 已阅读: n次

使用通量平衡分析的系统建模不能将代谢物引入系统（CobraPY）

这是数学、建模和生物学利用通量平衡分析，我们对系统进行建模我对我们的合作模式中的步骤有一个反应，本质上是这样的： A+B-->；C C+D-->；E E+F-->；G 问题是，D ...

2024-04-30 已阅读: n次

如何从头开始在cbmpy中创建基因组级代谢模型？

所以前面的问题显然是不明智的。原来的问题是：我计划从nothong建立一个新的GSMM（即，我需要一个空模型，0反应/代谢物/隔室/GPR/注释，但是有一个工具箱可以接受的适当模型结构）。你知道吗 ...

2024-04-30 已阅读: n次

我应该使用什么方法从pythoncycapi查询BioCyc数据库中的代谢物？

我正在使用PythonCycAPI来编写BioCyc中代谢物的查询。此API的目的是与BioCyc-Pathway工具的数据库软件进行通信。Pathway工具在lisp中，因此PythonCyc在py ...

2024-04-30 已阅读: n次

基于多交叉表的Pandas频率表

我有一组代谢物在一个系统的各个部分中存在的数据。我也有关于每种代谢物是什么类型的信息。我想要一个频率表，显示每种类型的代谢物在每个隔间的数量。数据如下： df = pd.DataFrame({'met ...

2024-04-30 已阅读: n次

Django-admin数据库结构与位移的困惑

我目前正在django上工作，对如何设计模型感到困惑。现在，我有一个名为“Reactionmeta”的表，其结构如下： 1 2 3 4 ...

2024-04-30 已阅读: n次

在django模板中编写循环困难

大家好，我目前正在处理django视图和模板，遇到了一些问题。我有一个名为“代谢物”的模型，它包含：id，名称，隔间，电荷和公式5的组成部分。我有另一个名为'Reactionsmeta'的模型，它 ...

2024-04-30 已阅读: n次

创建文件以输出和保存结果，python

我已经做了相当多的搜索，但我正在努力找到一个解决我的具体问题的办法。我相信这是一个相当简单的解决办法。在我在纸牌游戏中从一个领域中选出最好的经纪人，并与其他经纪人进行比赛。代谢物是世代进化的。因此， ...

2024-04-30 已阅读: n次

尝试将数据拆分为测试集和验证集时出现张量断言错误？

我有代谢物数据，我正试图建立一个神经网络模型。我得到了断言所有（张量[0].size（0）=张量。对于张量中的张量，size（0））断言错误，我不知道该怎么做才能使它正常工作问题就发生在这里 #Sp ...

2024-04-30 已阅读: n次

想在Django管理页面中实现多表的搜索功能吗

我目前正在django 2.0.2管理页面上工作。我有三个表格，分别是‘代谢物’、‘基因’和‘反应’。每个类别的结构定义如下： class Genes(models.Model): id = ...

2024-04-30 已阅读: n次

用表元素在Django中绘制流程图

我有一个名为“反应”的表，还有一个名为“代谢物”的列。当我用id或名称搜索完一种反应，点击反应，生成代谢物的流程图（可能使用networkx或graphviz？）时，有可能吗。你知道吗例如，如果反应 ...

2024-04-30 已阅读: n次

mmvec

通过神经网络的微生物-代谢物相互作用 ...

2024-04-30 已阅读: n次

precursor

安装您可以通过运行： $ pip install --user precursor 在Linux上，可执行脚本可以在~/.local/bin中找到。在macos上，脚本位于/Users/YOUR ...

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DIMEp

dimpy:python中的直接注入代谢过程 python包，用于直接从mzml文件中进行标称质量直接进样质谱的高通量非靶向代谢物指纹分析。这项工作的灵感来自于使用标称质量流注射- ...

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massClique

massclieque提供了一种优雅的聚类方法，可以找到与lc-ms测定的一种主要代谢物（化合物）相关的加合物和片段的聚类。 ...

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sbml_generalization

#mod_gen：代谢模型的基于知识的泛化**模型泛化**是一个python库，它使用基于知识的模型泛化方法压缩代谢网络模型。**模型泛化**以[sbml格式]（http://sbml.org/）的模 ...

2024-04-30 已阅读: n次

imzml2isa-qt

我记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记 ...

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idms-pairfinder-2

EMZED2在轨道式高质量分辨率仪器采集LC-MS数据中的应用。该应用允许基于同位素稀释的代谢物无目标提取质谱法。对于每种代谢物，一对天然标记的[12c]和同一样品中存在均匀的13C标记的[13 ...

2024-04-30 已阅读: n次

marsi

marsi是一个开源软件，用于识别非转基因菌株设计目标 ...

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metabohunter

Metabohunter 1H NMR代谢物识别服务的Python接口此包Python名称：metabohunter 目前版本： metabohu ...

2024-04-30 已阅读: n次

netomescalar

netomescalar提供了一种优雅的缩放方法 ...

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SyGMa

SyGMa是用于SystematicG生成潜在Metabolites的python库。它是对 Ridder, L., & Wagener, M. (2008) SyGMa: combinin ...

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metquest

metquest是一种基于动态规划的算法，用于识别所有可能的源代谢物和目标代谢物之间代谢网络的途径。 Metquest需要基因组规模的代谢重建，设定种子、源和靶代谢物和途径长度的截止值。 metq ...

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gait-gm

将代谢物建模为基因表达的函数 ...

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rhapsod

狂想曲通过共生概率估计微生物-代谢物相互作用的神经网络。安装 rhapsody可以通过pypi安装，如下所示 pip install rhapsody 如果您计划使用gpu，请确保pip in ...

2024-04-30 已阅读: n次

nmrml2isa-qt

nmrml2isa qt===br/>nmrml2isa解析器的pyqt接口，用于nmrml2isa解析器的pyqt接口。分析程序。它提供了一个易于使用的界面，可以将nmrml文件转换为isa tab ...

2024-04-30 已阅读: n次

AMON-bio

通过网络对代谢物来源的注释：一种预测有或无代谢组学数据的拟代谢物来源的工具此包Python名称：AMON-bio 目前版本： AMON-bio 0 ...

2024-04-30 已阅读: n次

Python 代谢物

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