所以前面的问题显然是不明智的。原来的问题是:
我计划从nothong建立一个新的GSMM(即,我需要一个空模型,0反应/代谢物/隔室/GPR/注释,但是有一个工具箱可以接受的适当模型结构)。你知道吗
我以前使用Matlab和COBRA工具箱,但最近改成了Python和cbmpy工具箱。我知道如何通过COBRA在Matlab中创建模型结构,但不知道如何使用cbmpy在python中创建模型结构。我真的不熟悉cmbpy的功能,我在这里寻求帮助。你知道吗
有几种方法可以满足我的需求:
最愚蠢的方法:读取一个exist模型并删除它的所有内容。你知道吗
import cbmpy as cbm
mod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('example.xml')
for ri in mod.getSpeciesIds():
mod.deleteSpecies(ri, also_delete = 'reaction')
类似地,不同的函数以'修改删除会把所有东西都清理干净。最终你会有一个干净的空模型。你知道吗
按照Cleb的建议,我查看了源代码并找到了所需的函数
import cbmpy as cbm
mod = cbm.CBModel.Model('Name')
mod.createSpecies('M_a_c',boundary=False,value=float('nan'),name='AA',compartment='c',charge=None,chemFormula='C2H2O2')
mod.createSpecies('M_b_c',boundary=False,value=float('nan'),name='BB',compartment='c',charge=None,chemFormula='CHO')
mod.createReaction('R_AB',reversible=False)
mod.createReactionReagent('R_AB','M_a_c',-1.0)
mod.createReactionReagent('R_AB','M_b_c',2)
然后创建一个ID为“Name”的模型对象。如果你找到了正确的函数,这是一个非常简单的问题,它的答案非常直接。以后你可以逐渐添加反应物/代谢物等,并指定目标反应。当然也可以直接使用cbm.CBModelTools.quickDefaultBuild
,但是您需要准备必要的参数来添加反应/物种/边界/目标。你知道吗
虽然您确实可以像您描述的那样构建一个模型,但它可能更容易(更干净)使用
我将展示如何将其用于一个非常简单的示例:
现在你可以打电话了
以及
以及
你也可以模拟模型
当你寻找你为反应
R02
定义的基因时,你会看到一个空列表:你得先打电话
哪个指纹
然后呢
将产生预期的结果
以及
它回来了
我强烈建议您使用这种方法,因为如果您想更改模型定义,以后可以更容易地阅读和编辑这种方法。你知道吗
如果要添加进一步的注释,可以选中this question。你知道吗
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