计算能够产生目标代谢物的最小代谢前体集合。
precursor的Python项目详细描述
安装
您可以通过运行:
$ pip install --user precursor
在Linux上,可执行脚本可以在~/.local/bin
在macos上,脚本位于/Users/YOURUSERNAME/Library/Python/3.6/bin
下。
用法
典型用法是:
$ precursor.py --autoseeds network targets
有关更多选项,您可以按以下方式寻求帮助:
$ precursor.py --help
usage: precursor.py [-h] [--autoseeds] net inputs
positional arguments:
net metabolic network in SBML format
inputs targets in XML format
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--autoseeds compute possible seed metabolites
样品
带有示例文件的存档文件here可用。