用于mzml2isa解析器的pyqt接口。
imzml2isa-qt的Python项目详细描述
我记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得记得://github.com/is a tools/mzml2isa>;``解析器。它提供了一个易于使用的界面,可以将mzml文件转换为isa选项卡研究。它是用python3和pyqt5制作的。
代码::bash
pip3安装imzml2isa qt
代码::bash
git clone git://github.com/althonos/imzml2isa qt
代码::bash
python3 run.py
代码::bash
cd imzml2isa qt&;python3 setup.py install
使用
--
使用“imzml2isa qt”命令打开图形用户界面。要简单地将**.imzml**
文件解析为**isa**,请选择包含文件的目录。使用
默认设置,程序将在该
文件夹中创建新的isa文件,假设该文件夹的名称是研究标识符(*mtbslxxx*
,例如用于代谢研究)。这可以通过取消勾选
“将结果导出到每个研究的目录”框来更改。设置参数
后,单击“转换”按钮启动解析器。
要向最终的isa选项卡文件提供更多的元数据,请使用“添加元数据”按钮打开一个新窗口并更新研究的详细信息。尽管如此,
即使填写了所有必需的字段,**生成的isa也需要在解析结束后进行增强**(例如使用
`metabolight pre-packated isa
creator<;http://www.ebi.ac.uk/metabolights/>;`_添加缺失的字段)。
新陈代谢上传所需的缺失信息目前为:
-研究因素(取决于样本,必须添加到*研究*文件
和*研究*文件中)
-代谢物分配文件
-研究设计
todo
----
-将“代谢物分配文件”字段添加到主窗口或更改**mzml2isa**解析器行为,以便成功检测代谢物分配文件和将它们添加到研究文件中。
许可证
----
代码::bash
pip3安装imzml2isa qt
代码::bash
git clone git://github.com/althonos/imzml2isa qt
代码::bash
python3 run.py
代码::bash
cd imzml2isa qt&;python3 setup.py install
使用
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使用“imzml2isa qt”命令打开图形用户界面。要简单地将**.imzml**
文件解析为**isa**,请选择包含文件的目录。使用
默认设置,程序将在该
文件夹中创建新的isa文件,假设该文件夹的名称是研究标识符(*mtbslxxx*
,例如用于代谢研究)。这可以通过取消勾选
“将结果导出到每个研究的目录”框来更改。设置参数
后,单击“转换”按钮启动解析器。
要向最终的isa选项卡文件提供更多的元数据,请使用“添加元数据”按钮打开一个新窗口并更新研究的详细信息。尽管如此,
即使填写了所有必需的字段,**生成的isa也需要在解析结束后进行增强**(例如使用
`metabolight pre-packated isa
creator<;http://www.ebi.ac.uk/metabolights/>;`_添加缺失的字段)。
新陈代谢上传所需的缺失信息目前为:
-研究因素(取决于样本,必须添加到*研究*文件
和*研究*文件中)
-代谢物分配文件
-研究设计
todo
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-将“代谢物分配文件”字段添加到主窗口或更改**mzml2isa**解析器行为,以便成功检测代谢物分配文件和将它们添加到研究文件中。
许可证
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