Python 细菌_专题 - Python中文网

使用XPATH提取两个标记（粗体）<b>之间的所有文本

这是我的HTML元素 <div class="abstract-content selected" id="en-abstract"> <p> < ...

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Storbinary格式字符串Python3 FTPLib

marlin=open(bacteria,'rb') session.storbinary('STOR bacteria.png',open(bacteria,'rb')) 所以基本上我想改名细菌. ...

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扫描txt，在Python中将某些数据附加到空列表中

我有一个用python读取的文本文件。我试图从文本文件中提取关键字后面的某些元素，将它们附加到空列表中。文件如下所示：所以我想列两张空名单第一个列表将附加序列名第二个列表是一个列表列表，其格 ...

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计算使用多个键找到字典值的次数

我在python工作。有没有办法计算一个字典中的值有多少次是用一个以上的键找到的，然后返回一个计数？例如，如果我有50个值，并且我运行了一个脚本来执行此操作，那么我将得到一个如下所示的计数： 1: ...

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Python Dict和Forloop与FASTA fi

我得到了一个FASTA格式的文件（比如来自这个网站：http://www.uniprot.org/proteomes/），它给出了特定细菌内的各种蛋白质编码序列。我被要求给出一个完整的计数和文件中包含 ...

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查找从一个csv列到另一个csv列的单词频率

我是python新手，我有两个csv文件，一个包含细菌名称 import csv import pandas as pd from collections import Counter import ...

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循环执行一系列计算并打印迭代次数

我想使用以下公式循环计算：其中α是控制生长速率的正数，K是定义容量的正数，即种群中细菌的最大数量。脚本应该逐小时模拟细菌的生长，当细菌数量超过时停止一些固定的数字，N。你的程序必须返回人口第 ...

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数据帧比较具有特定条件的多行

我希望我能正确地解释我的问题。。我有一个数据帧（306x40），其中有多行包含特定组的数据，我需要按索引对它们进行分组，这没有问题。接下来，我需要将这些行与具有特定条件的另一行进行比较。以这些数据为例 ...

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用D3.js ch表示python生成的数据

我的问题是：我编写了一个Python脚本来分析某种细菌的DNA序列，我需要绘制输出。我使用Matplotlib为文本和表格呈现图表和HTML/CSS。在最近我发现了以下javascript库：htt ...

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Fi中的Python字符数

我得到了一个文本文件，其中给出了特定细菌内各种蛋白质的编码序列。这些信息以简短描述的形式出现，以及用大写字母表示的各种氨基酸编码序列。我被要求以以下形式给出各种单字母氨基酸代码的计数： A: 1567 ...

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从NCBI BLASTp解析表

我想把一个两列的文件转换成一个0和1的表，以便准备PCA（主成分分析）。输入文件由第一列中的细菌名称和第二列中的细菌描述符组成。在可能的方法：将输入文件存储在散列中，然后对每列执行某种uniq命令， ...

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演化过程的计算机模拟

我如何在python中模拟和绘制二维空间中一些移动细菌（正方形或胶囊）的特殊位置，我尝试使用标准的时间模拟来划分胶囊。但无法在二维空间中绘制它们的特殊位置。我只想模拟细菌的菌落生长。在 ...

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bio_assembly_refinement

Bio_assembly廑u refinification====用于过滤、修剪、循环和重新组装contigs的管道，主要用于（但不限于）使用长读数据（例如pacbio）起草细菌程序集说明----给定 ...

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teritori

简介寻找复制的起源（ori）和终点（ter）对于涉及基因组数据测序的所有研究都是重要的，主要是因为它为序列提供了明确的起点和终点，并且能够对不同的样本进行比较和分析。了解这些位 ...

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arip

这个软件旨在量化细菌对抗生素的耐药性通过分析表型板的图片。目前支持96 不同细菌与不同抗生素的浓度，但应用适应不同按行和列排列的板。计算机视觉算法以检测不同水平的细菌生长。作为结果，软件生成 ...

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ncbi-genome-download

NCBI基因组下载脚本一些从NCBI下载细菌和真菌基因组的脚本不久前重组了他们的ftp。想法不知羞耻地从Mick Watson的Kraken Downloader中窃取脚本这也可以在m ...

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baconator

Baconator-好莱坞主题的随机名称生成器细菌发生器就像Haikunator （和many other versions）。它为文件、作业、服务器等内容生成易于引用的随机名称，您可以将其命名为 ...

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prairiedog

草原犬在Linux上支持Python3.6、Python3.7、PyPy3.6 安装我们建议您按照两个安装步骤来创建图形以及查询图形，除非您在一个放置，并在另一个中查询它。这两个 ...

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COWBAT

啊！[替换文本]（cowbat.png“cowbat”） ###cfia细菌组装和分型的olc工作流程 ####[阅读文档]（http://olc-bioinformatics.github.io/C ...

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pandoo

潘杜获取帮助： pandoo -h 作者马克B舒尔茨，安德斯·冈萨尔维斯·达席尔瓦，詹森·邝，托尔斯滕·西曼简介 pandoo是一个命令行工具，用于探索和描述细菌全基因组dna序列数据。它是 ...

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nesoni

收集处理高通量测序数据的工具，重点是细菌数据。此包Python名称：nesoni 目前版本： nesoni 0.132 最后维护时 ...

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hmmerclust

用于检测和分析细菌基因组中基因簇的python包。 ...

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bacpacs

BACPACS 0.1.1版用户指南概述 bacpacs是一个细菌致病性分类python模块，基于以下论文："bacpacs–通过稀疏支持向量机进行细菌致病性分类"，作者是elan barash、n ...

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inmembrane

在Docker下运行 Docker容器提供了在可再生环境。创建Docker容器并运行测试： $ docker build -t inmembrane:lat ...

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kvasirHGT

细菌基因组中hgt的鉴定此包Python名称：kvasirHGT 目前版本： kvasirHGT 0.6.7 最后维护时间：May ...

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recolonyzer

Reconymizer是一个软件，用于量化细菌培养物的细胞密度从时间进程图片。它使用图像分析工具来确定适合度在固体琼脂上生长的细菌的斑点培养物。 ...

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powerball

powerball：细菌群竞争抽奖分析的工具，由matthew marshall和john l.darcy所著，什么是竞争抽奖分析？一个竞争性的彩票环境是许多物种为了争夺少数地点或斑块的优势而竞争的环 ...

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subtil

子标题 A Subgroup discovery platform for examining bacterial time-lapse microscopy 版本：0.1.0 subtil是一个 ...

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read-overlap

屏幕部件在细菌集合中筛选感兴趣基因（goi）存在的管道。生成多个csv和描述哪些基因存在以及它们的序列如何变化的图。可以使用dna或蛋白质查询序列（gois）和dna contigs/fastas或 ...

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screen-assembl

屏幕部件在细菌集合中筛选感兴趣基因（goi）存在的管道。生成多个csv和描述哪些基因存在以及它们的序列如何变化的图。可以使用dna或蛋白质查询序列（gois）和dna contigs/fastas或 ...

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unassigner

取消指派者短16srrna与命名细菌的一致性评价标记基因序列。摘要那16S rRNA gene 在所有的细菌中都有，而且它的基因序列保守的。细菌16srrna基因的扩增与序列分析一种常用的 ...

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centreseq

安装创建新的conda环境（可选，但强烈建议） conda env create -n centreseq python=3.6 conda activate centreseq 通过Bi ...

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Python 细菌

关于细菌 相关联的Python项目和问题：

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