未指定细菌种类
unassigner的Python项目详细描述
取消指派者
短16srrna与命名细菌的一致性评价 标记基因序列。
摘要
那16S rRNA gene 在所有的细菌中都有，而且它的基因序列 保守的。细菌16srrna基因的扩增与序列分析 一种常用的细菌群落调查方法 microbiome 研究但是，高吞吐量的仪器无法排序 整个基因因此，该基因的一个短区域被选作 扩增和测序。
所得到的序列，跨越了16S基因的一部分，可以用来 确定样本中存在的细菌类型。例如，一个 序列可能被分配给streptococcus属，基于 序列相似性。有许多程序可以执行这样的操作 分类学作业。
一般认为16srrna基因不适合 细菌种类的划分我们同意，但有一个问题：基因 序列适合于排除分配给许多细菌 物种。这个软件是为了排除所有的物种 与部分16srrna基因不一致的命名 顺序。对于那些没有被明确排除的物种，我们 指定序列与 物种。
因为软件是为了排除物种而不是 在决定最佳分配时，我们称之为unassigner。是一个 俗气的笑话，但我们决定继续讲下去。
unassigner库提供一个命令行程序，unassign，
在16S基因区提取一份DNA序列的fasta文件，然后
给出序列与附近不一致的概率
细菌种类。
安装
python库和命令行程序可以使用 pip
pip install unassigner
除了安装文件中列出的python库之外，这个程序
需要安装wget和vsearch。wget程序是
用于下载细菌种类的数据，第一次unassign
是跑步。程序vsearch用于搜索最近的
匹配细菌种类并返回成对序列比对。
用法
unassign程序需要一个参数，一个fasta格式的文件
短16s序列：
unassign my_sequences.fasta
如果程序以前没有运行过，它将自动下载
它需要的细菌种类数据，格式化它的参考文件，
创建名为my_sequences_unassigned的输出目录，然后
那里有一个结果表，还有一些辅助输出文件。
有关可用的 选项
贡献
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