细菌核心基因组的快速生成
centreseq的Python项目详细描述
安装
- 创建新的conda环境（可选，但强烈建议）
conda env create -n centreseq python=3.6
conda activate centreseq
- 通过Bioconda安装
conda install -c bioconda centreseq
使用量
Usage: centreseq [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
centreseq builds an annotated core genome using assemblies as input.
Options:
--version Print the version and exit.
--citation Print the citation for this software and exit.
--help Show this message and exit.
Commands:
core Given an input directory containing assemblies, establishes a core
genome
tree Produces output for phylogenetic tree software
问题
conda发行版可能在安装正确版本的minced时出现问题，
一个prokka依赖项，因此在安装centreseq之后，您可能需要在conda环境中运行以下命令：
conda install minced
外部依赖性
这些程序将与conda软件包一起自动安装。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
