pandoo 0.3.3

潘杜

获取帮助：

pandoo -h

作者

马克B舒尔茨，安德斯·冈萨尔维斯·达席尔瓦，詹森·邝，托尔斯滕·西曼

简介

pandoo是一个命令行工具，用于探索和描述细菌全基因组dna序列数据。它是一个用python编写的计算管道，可以通过使用ruffus管道库的实现进行扩展。ruffus在运行期间处理任务调度和任务并行化。pandoo在进行amr和mlst分析时对致病物种特别有用，但理论上可以用于任何序列数据库中的任何细菌物种。它最初是为在澳大利亚维多利亚州的微生物诊断单位公共卫生实验室对细菌分离物进行特征描述和质量控制组装和读取而编写的。输入是一个以制表符分隔的文本文件，它将软件指向程序集，并为每个隔离点配对结束读取文件。具体地说，该文件没有头，每个单独文件有一行，每行有四列，列顺序如下：

+-------------+------------------------------------------------+----------------------------+---------------------------+
|isolate_name | full_path_to_assembly (i.e., a 'contigs' file) | full_path_to_paired_reads1 | full_path_to_paired_reads2|
+-------------+------------------------------------------------+----------------------------+---------------------------+

一个示例隔离.tab文件如下：：

isolate-1	/path/to/isolate-1/contigs.fa	/path/to/isolate-1/reads-1.fq.gz	/path/to/isolate-1/reads-2.fq.gz
isolate-2	/path/to/isolate-2/contigs.fa	/path/to/isolate-2/reads-1.fq.gz	/path/to/isolate-2/reads-2.fq.gz
isolate-3	/path/to/isolate-3/contigs.fa	/path/to/isolate-3/reads-1.fq.gz	/path/to/isolate-3/reads-2.fq.gz
isolate-4	/path/to/isolate-4/contigs.fa	/path/to/isolate-4/reads-1.fq.gz	/path/to/isolate-4/reads-2.fq.gz
isolate-5	/path/to/isolate-5/contigs.fa	/path/to/isolate-5/reads-1.fq.gz	/path/to/isolate-5/reads-2.fq.gz

安装依赖项

在运行pandoo之前，需要安装以下软件包。要安装依赖项，请执行以下操作（如果您没有管理员权限，则可能需要在pip3安装命令之后添加"--user"：

cpanm -i Moo
cpanm -i List::MoreUtils
cpanm -i Bio::Perl
brew tap homebrew/science
brew tap tseemann/homebrew-bioinformatics-linux
brew update
brew install mlst
brew install abricate
brew install seqtk
brew install mummer
brew install bowtie2
brew install cd-hit
brew install kraken
brew install graphviz
pip3 install git+https://github.com/MDU-PHL/ngmaster.git #(see install instructions at https://github.com/MDU-PHL/ngmaster)
pip3 install git+https://github.com/MDU-PHL/meningotype.git #(see install instructions at https://github.com/MDU-PHL/meningotype)
pip3 install biopython
pip3 install ariba
#install sistr from http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0147101 (location?)
git clone https://github.com/MDU-PHL/legsta.git # then add it to your path so is executable with 'legsta'
git clone https://github.com/MDU-PHL/LisSero.git # then add it to your path so is executable with 'LisSero.py'
git clone https://github.com/lskatz/mashtree.git # then add it to your path so is executable with 'mashtree.pl'

按照https://ccb.jhu.edu/software/kraken" rel="nofollow">https://ccb.jhu.edu/software/kraken中的说明设置数据库。

安装Pandoo

要对所有用户执行这些安装步骤中的任何一个，请删除"--user"。如果为所有用户安装，则不需要最后的符号链接步骤。pandoo是为python3编写的，安装需要pip3和setuptools。要仅为当前用户安装最新"稳定"版本的pandoo，请执行以下操作：
第一次更新python3，pip3，setuptools。然后尝试： pip3 install pandoo--user-i-i的意思是忽略那些已经安装的版本，重新安装setup.py中所述的版本，特别是需要ruffus版本2.6.2而不是ruffus 2.6.3。

升级：

pip3 install pandoo --upgrade

要安装最新的、可能不稳定的、最新的版本：

pip3 install --user https://github.com/schultzm/pandoo/zipball/master

如果通过"--用户"选项安装 检查可执行文件的位置：

which pandoo  # ~/.local/bin/pandoo

检查网站包的位置：

python3 -m site --user-site  # ~/.local/lib/python3.6/site-packages

现在，将上面站点包中的打包数据库符号链接到包含上面所示可执行文件的文件夹：

ln -s ~/.local/lib/python3.6/site-packages/Pandoo/CARD/ ~/.local/bin
ln -s ~/.local/lib/python3.6/site-packages/Pandoo/VFDB/ ~/.local/bin
ln -s ~/.local/lib/python3.6/site-packages/Pandoo/qacGenes/ ~/.local/bin

要卸载，请执行以下操作：

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

pandoo -h

+-------------+------------------------------------------------+----------------------------+---------------------------+
|isolate_name | full_path_to_assembly (i.e., a 'contigs' file) | full_path_to_paired_reads1 | full_path_to_paired_reads2|
+-------------+------------------------------------------------+----------------------------+---------------------------+