竞争抽签分析细菌群的工具。
powerball的Python项目详细描述
powerball:细菌群竞争抽奖分析的工具,由matthew marshall和john l.darcy所著,什么是竞争抽奖分析?
一个竞争性的彩票环境是许多物种为了争夺少数地点或斑块的优势而竞争的环境。在这些环境中的物种将支配一个站点,迫使所有其他物种退出,或将与该物种上的其他物种共存。这里的两个重要指标是竞争力,我们将其定义为一个群体始终被该群体中的少数物种所支配的程度,以及彩票度,即同一物种在某一特定群体中始终支配的程度。竞争抽签分析使我们能够通过分析种群数据来探索这些指标,以了解哪些物种或物种组具有竞争性,它们相对于其他物种的竞争性如何,以及它们如何决定性地支配它们的种群。
用法:
powerball采用一个参数:输入csv文件的名称,其中每一行代表一个物种和每一列表示有关该物种的种群数据样本。表的最后一列是一个字符串,用于基于某些用户定义的分组参数对种类进行分组。例如,您可以决定在分类上相似的所有物种都属于同一个组。data/example.csv中给出了一个输入文件应该是什么样子的示例,powerball的默认最小组大小为3种,可以通过命令行参数-group size进行更改,powerball的基本用法是“python powerball.py filename.csv”
这将显示竞争力得分,抽奖得分,所有组的p值都四舍五入到小数点后4位。
对于更高级的用法,powerball有许多不同的命令行参数。通过运行“python powerball.py--help”或“python powerball.py-h”,可以显示完整的列表
powerball使用bokeh自动生成输出数据的交互式图形(可以使用--chartstyle参数使其静音)
一个竞争性的彩票环境是许多物种为了争夺少数地点或斑块的优势而竞争的环境。在这些环境中的物种将支配一个站点,迫使所有其他物种退出,或将与该物种上的其他物种共存。这里的两个重要指标是竞争力,我们将其定义为一个群体始终被该群体中的少数物种所支配的程度,以及彩票度,即同一物种在某一特定群体中始终支配的程度。竞争抽签分析使我们能够通过分析种群数据来探索这些指标,以了解哪些物种或物种组具有竞争性,它们相对于其他物种的竞争性如何,以及它们如何决定性地支配它们的种群。
用法:
powerball采用一个参数:输入csv文件的名称,其中每一行代表一个物种和每一列表示有关该物种的种群数据样本。表的最后一列是一个字符串,用于基于某些用户定义的分组参数对种类进行分组。例如,您可以决定在分类上相似的所有物种都属于同一个组。data/example.csv中给出了一个输入文件应该是什么样子的示例,powerball的默认最小组大小为3种,可以通过命令行参数-group size进行更改,powerball的基本用法是“python powerball.py filename.csv”
这将显示竞争力得分,抽奖得分,所有组的p值都四舍五入到小数点后4位。
对于更高级的用法,powerball有许多不同的命令行参数。通过运行“python powerball.py--help”或“python powerball.py-h”,可以显示完整的列表
powerball使用bokeh自动生成输出数据的交互式图形(可以使用--chartstyle参数使其静音)