扫描txt，在Python中将某些数据附加到空列表中

Question

我有一个用python读取的文本文件。我试图从文本文件中提取关键字后面的某些元素，将它们附加到空列表中。文件如下所示：

所以我想列两张空名单

• 第一个列表将附加序列名

• 第二个列表是一个列表列表，其格式为[Bacteria,Phylum,Class,Order, Family, Genus, Species]

  大多数生物都是未经培养的细菌。我正在尝试添加未培养的细菌，其ID由以下ID分隔；

是否有必要扫描某个单词，当找到该单词时，取其后面的单词[用'\t'分隔]？

我需要它来创建一个序列名的字典来翻译成分类数据。在

我知道我需要一个空列表来附加姓名：

seq_names=[ ]

将分类列表放入的第二个列表

^{pr2}$

以及在每次迭代后将重置的第三个列表

temp = [ ]

我相信在Biopython中可以做到，但我正在努力提高我的python技能

Answer 1

听起来你可能需要一个按序列名索引的字典。例如

my_data = {
           'some_sequence': [Bacteria,Phylum,Class,Order, Family, Genus, Species],
           'some_other_sequence': [Bacteria,Phylum,Class,Order, Family, Genus, Species]
          }

然后，您只需访问my_data['some_sequence']来提取关于该序列的数据。在

为了填充您的数据结构，我只需循环文件行，.split('\t')将它们分成“列”，然后执行类似my_data[the_row[0]] = [the_row[10], the_row[11], the_row[13]...]的操作将行加载到字典中。在

所以

^{pr2}$

Answer 2

是的，有办法。在

可以使用内置函数split将从文件读取到的字符串拆分为数组。从这里你可以找到你要找的单词的索引，然后用这个索引加一得到后面的单词。例如，使用名为测试文本看起来是这样（格式有点奇怪，因为so似乎不喜欢硬标签）。在

one two three   four    five    six seven   eight   nine

以下代码

^{pr2}$

将返回所需的“8”

编辑：返回列表中的每个单词

f = open('test.txt','r')

string = f.read()
words = string.split('\t')

desired = [words[ind+1] for ind, word in enumerate(words) if word == "seven"]

这是使用列表理解。它枚举单词列表，如果该单词是您要查找的，则将该单词包含在列表的下一个索引处。在

编辑2：要在新行和制表符上拆分它，可以使用正则表达式

import re
f = open('testtest.txt','r')

string = f.read()

words = re.split('\t|\n',string)

desired = [words[ind+1] for ind, word in enumerate(words) if word == "seven"]