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关于bam 相关联的Python项目和问题：

如何使用python将“print”输出重定向到文件？

我想使用python将打印重定向到一个.txt文件。我有一个“for”循环，它将“打印”每个.bam文件的输出，同时我要将所有这些输出重定向到一个文件。所以我试着 f = open('output. ...

2024-04-27 已阅读: n次

Python3.4字典输出不同于Python2.7

我只是在学习Python，所以如果我完全遗漏了一些东西，我不会感到惊讶。这是一个BAM格式的序列文件，通过从pysam获取读取。在python3.4中的python2.7中所有的东西都可以工作这段代码 ...

2024-04-27 已阅读: n次

将标准输出从子进程流到python函数，然后返回到子进程

我尝试在unix风格的管道中使用python。例如，在unix中，我可以使用管道，例如： $ samtools view -h somefile.bam | python modifyStdout. ...

2024-04-27 已阅读: n次

Python:没有定义球

我得到这个错误： Traceback (most recent call last): File "D:/Python26/PYTHON-PROGRAMME/049 bam", line 9, i ...

2024-04-27 已阅读: n次

按群集拆分bam，然后使用checkpoin按群集合并bam

我有三个来自3个不同样本的单单元bam文件，需要通过集群将它们拆分为更小的bam。然后，我需要为相同的集群合并来自不同示例的bam文件。我试过使用检查站，但有点迷路了。https://snakemak ...

2024-04-27 已阅读: n次

将列表中的子元素与其他子元素进行比较

我有一个句子列表listOfSentences，如下所示： listOfSentences = ['mary had a little lamb.', 'she ...

2024-04-27 已阅读: n次

查找所有匹配项并用索引迭代替换

我有以下问题：我想用索引标记找到的匹配项。示例： x = "hayde hayde bim bam hayde hayde bim bam hayde hayde bim bbm ba bi bim ...

2024-04-27 已阅读: n次

如何通过Python来调用/运行软件？

我正在尝试制作一个简单的脚本来逐个（一个接一个）运行不同的任务，但我不知道如何用python脚本运行程序！我知道应该很简单！但我在哪儿都找不到。我的例子是： samtools merge filena ...

2024-04-27 已阅读: n次

SyntaxError:使用.format和for循环进行分析时出现意外的EOF

我试图做这个循环，但我得到这个错误，有什么建议吗？你知道吗 for file in glob.glob("results/dir_bam/*_dedup.bam"): f_name = file_ ...

2024-04-27 已阅读: n次

python正则表达式匹配文件名

我有以下文件名，并希望将其分组：第1组： C7_S6_L001.sorted.bam C7_S6_L002.sorted.bam C7_S6_L003.sorted.bam C7_S6_L004.s ...

2024-04-27 已阅读: n次

在Shell中格式化Snakemake输入文件

我正在使用snakemake管道来运行GATKMarkDuplicate命令，该命令包含来自不同读取组的多个输入bam文件 rule mark_duplicates: input: ...

2024-04-27 已阅读: n次

使用snakemake pairended bwa alignmen

我在使用snakemake是新手，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有几对1。速成gz&；\u 2。速成gz我想对大约10对速成gz. 所以我写了一个蛇形文件。在 import ...

2024-04-27 已阅读: n次

basevar

从超低通wgs数据调用变量。安装 pip install basevar 快速启动从多个bamfiles调用变量 basevar basetype -R reference.fasta ...

2024-04-27 已阅读: n次

camu

安装 CaMu.py可以使用pip轻松安装。只需运行命令： pip install camu pip将自动安装包含在CaMu.py中的所需版本的python包。此外，还需要安装samtool ...

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mitt

Mitty是一个数据模拟器，旨在帮助调试校准器和变量打电话的人。它需要Python3.4或更高版本。它是在 Apache2.0许可证。功能从整个基因组、单个微小区域或根据需要设置区域如 ...

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bam_add_eof

如果BAM缺少EOF，则添加它，否则输出原始BAM 此包Python名称：bam_add_eof 目前版本： bam_add_eof 0.3 ...

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mpc55xx-bam-loader-g1

使用BAM串行协议将二进制文件上载到Freescale MPC55xx或MPC56xx ...

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GroopM

.。.D888B.888B.D888B。D88P 88B 8888B D8888。888 888 88888 b.d88888。888 888D888.D88B..D88B.88888 B.888Y8 ...

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chipseqpeaks

Chipseq峰值一个macs2的包装器，它可以抽象出一些东西并使其更易于使用。感谢邱华华的启发和贡献。 Warning: Before using chipseqpeaks, please m ...

2024-04-27 已阅读: n次

peako

豌豆什么是豆子？ Peako在芯片序列数据集中发现了具有敲除控件的基序。peako将成对的wild-type/knockout bam文件以及几个引用文件作为输入。它返回一个排序主题的文件（请参阅我 ...

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svtyper

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panda3d-gltf

panda3d gltf 该项目将gltf加载功能添加到panda3d。这个项目的一个长期目标是作为一个参考添加一个构建，C++GLTF加载器到PANDA3D。如果并且当panda3d获得 ...

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XYalign

广告和实质性影响变型呼叫。这里我们介绍xylalign，这是一个新的工具，它（1）在ngs数据中快速推断性染色体倍性，（2）基于推断的个体性染色体补体重新映射读取，（3）输出质量、深度和染色体上的等位 ...

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CovFuzze

#covfuzze plot一个python脚本，用从多个重复中计算出的标准差来绘制基因覆盖率和ip峰。用法：gene_peak_plot.py[-h][-g gene][-o out]--bams ...

2024-04-27 已阅读: n次

ngsqc

在此添加简短描述！快速质量控制：快速质量控制，快速质量控制 BAMQC:质量图 vcfqc: 说明三种文件类型：fastq、bam和vcf，我们需要使用不同的工具来分析文件的质量。 fast_q ...

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Katana

===katana=图片：https://travis-ci.org/umich-brcf-bioinf/katana.svg？分支=开发：目标：https://travis ci.org/umich ...

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indextools

索引工具常见索引格式，如BAM索引（BAI）和Tabix（TBI），包含沿基因组的NGS读取的密度的粗粒度信息，其可用于基于读取深度的度量的快速近似。indextools是一个基于索引文件的非常快速 ...

2024-04-27 已阅读: n次

Connor

概述在分析深部层序天然气数据时，有时很难区分罕见变异的测序和PCR错误；因此，一些变异可能被忽略，一些将被识别为不准确的变异频率。到解决这个问题，研究人员可以在样本期间附 ...

2024-04-27 已阅读: n次

igvpool

使用igv生成bam快照的服务此包Python名称：igvpool 目前版本： igvpool 0.2.1 最后维护时间：May ...

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bai-indexer

BAM索引的索引（BAI）此包Python名称：bai-indexer 目前版本： bai-indexer 0.1.1 最后维护时 ...

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tssenrich

tssenrich 为atac seq数据计算TSS enrichment。（另请参见ENCODE standards）安装 pip3 install tssenrich 或 pip3 insta ...

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blender-bam

bam资产管理器是一个管理blender中资产的工具。 ...

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