亚基因组binning套件
GroopM的Python项目详细描述
.
。.D888B.888B.D888B
。D88P 88B 8888B D8888
。888 888 88888 b.d88888
。888 888D888.D88B..D88B.88888 B.888Y888P888
。888888888 888P“D88”“88B D88”“88B 888”88B 888 Y888P 888
。888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 Y8P 888
。Y88B D88P 888 Y88..88P Y88..88P 888 D88P 888“888
。Y8888P88 888“Y88P”“Y88P”8888P“888888
。888
。888
。888
概述它利用时空动态（差异覆盖）精确（几乎自动）从多样本亚基因组数据集中提取群体基因组。
groopm在很大程度上是无参数的。使用：groopm-h获取更多信息。
典型的工作流如下：
1。通过多个（3+）样本（在空间或时间上或同时在两者上）为您的环境生成ngs数据。
2。使用天鹅绒或类似材料共同组装阅读材料。
3.对于每个样本，将读数映射到联合程序集。groopm需要排序索引的bam文件。如果有3个示例，则将生成3个BAM文件。我用bwa/samtools做这个。
4.使用“groopm parse”savename contigs.fa bam1.bam bam2.bam将您共同组装的contigs和bam文件加载到groopm中…
5。继续遵循groopm工作流。请参见：groopm-h了解更多信息。
许可证和参考
==
项目主页、源树信息、文档、问题和贡献方式，请参阅http://github.com/minillinim/groopm
如果您使用此软件，我们希望您能引用我们的文章。
我们的论文现在作为预印本在https://peerj.com/articles/603上提供。doi是http://dx.doi.org/10.7717/peerj.603
copyright©2012-2014 michael imelfort。
。.D888B.888B.D888B
。D88P 88B 8888B D8888
。888 888 88888 b.d88888
。888 888D888.D88B..D88B.88888 B.888Y888P888
。888888888 888P“D88”“88B D88”“88B 888”88B 888 Y888P 888
。888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 Y8P 888
。Y88B D88P 888 Y88..88P Y88..88P 888 D88P 888“888
。Y8888P88 888“Y88P”“Y88P”8888P“888888
。888
。888
。888
概述它利用时空动态（差异覆盖）精确（几乎自动）从多样本亚基因组数据集中提取群体基因组。
groopm在很大程度上是无参数的。使用：groopm-h获取更多信息。
典型的工作流如下：
1。通过多个（3+）样本（在空间或时间上或同时在两者上）为您的环境生成ngs数据。
2。使用天鹅绒或类似材料共同组装阅读材料。
3.对于每个样本，将读数映射到联合程序集。groopm需要排序索引的bam文件。如果有3个示例，则将生成3个BAM文件。我用bwa/samtools做这个。
4.使用“groopm parse”savename contigs.fa bam1.bam bam2.bam将您共同组装的contigs和bam文件加载到groopm中…
5。继续遵循groopm工作流。请参见：groopm-h了解更多信息。
许可证和参考
==
项目主页、源树信息、文档、问题和贡献方式，请参阅http://github.com/minillinim/groopm
如果您使用此软件，我们希望您能引用我们的文章。
我们的论文现在作为预印本在https://peerj.com/articles/603上提供。doi是http://dx.doi.org/10.7717/peerj.603
copyright©2012-2014 michael imelfort。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
