命令行工具根据底漆位置读取软夹。
Katana的Python项目详细描述
===
katana
=
图片：https://travis-ci.org/umich-brcf-bioinf/katana.svg？分支=开发
：目标：https://travis ci.org/umich brcf bioinf/katana
：alt:构建状态
…图片：：https://coveralls.io/repos/github/umich-brcf-bioinf/katana/badge.svg？分支=开发
：目标：https://coveralls.io/github/umich-brcf-bioinf/katana？branch=development
：alt:coverage status
因此，感兴趣的区域通常以这些引物序列开始和结束，这些序列与参考序列完全匹配，并且不反映实际的样本序列。在
一些面板设计中，放大镜可以平铺，使得一个
感兴趣区域的放大镜可以重叠不同放大镜的底漆区域。在这种
排列中，重叠区域应能检测出
落在该引物区域内的变体。然而，引物序列的存在通常会压倒真实的低频变体的特征。
katana根据读取的起始位置将每个读取匹配到相应的引物对。然后，katana从读取序列的边缘软剪辑引物区域，通过重叠的
扩增子来拯救真正变体的信号。该输出在概念上类似于根据序列标识从原始fastq读取的硬剪裁引物，但其优点是在对齐过程中保留引物可以提高对齐质量。
：
扩增子a[感兴趣的primerregion聚合物]
Amplicon B[PrimerRegion of InterestPrimer]
输入read1序列：tgcatgagtcgtagttgacgtc
输入read2序列：atctaggtagttgacgtcagataatgcagc
输出read1序列：tgcatgagtcgtagttgacgtc（剪裁的Amplicon A引物）
输出读数2序列：ATCTaggtagttgacgtagaatgcagc（剪接的Amplicon B引物）
（小写=软剪接）
标签被添加到每个输出读数中，以帮助解释如何修改：
-x0:关联的引物ID
-x1:原始雪茄串
-x2:original reference start
-x3：原始引用结束（信息性；对反向读取有用）
-x4：排除读取的原因（仅当--preserve_all_alignments时出现）
katana假设：
-输入bam被索引
-引物是有意义的反义对
-primer对位于同一染色体上
-引物染色体与bam区域匹配
-引物文件被制表符分隔；标题行包括以下字段：
*客户目标id
*chr
*检测开始
*反义开始
*检测序列
*反义se序列
-在基于1的坐标中指定引物文件检测和反义启动
----
快速启动
----
1。**安装武士刀（请参见install.rst）：**
：：
$pip安装武士刀
2。**获取示例目录：**
：：
$git clone https://github.com/umich brcf bioinf/katana
>3。**运行katana:**
：：
$katana katana/examples/primars.txt katana/examples/chr10.pten.bam clipped.bam
这将读取chr10.pten.bam并生成clipped.bam，其中包含调整为软剪辑（不包括）其各自的底漆区域的读取
。不包括未映射的读操作
或与已知底漆不匹配的读操作。
----
katana help
----
：
$katana--help
：katana primer_manifest input_bam output_bam
匹配输入bam到primer中的每个对齐，软剪裁primer区域。
位置参数：
primer_manifest path to primer manifest（制表符分隔文本）
input_bam path to input bam
o输出bam的utput_bam路径
ents（即使它们
未映射，也不能与引物匹配，导致
无效雪茄等）
====
电子邮件bfx-katana@umich.edu以获取支持和问题。
0.1.2（11/2/2017）
----
-添加/正确更新mc标记
-排除mate时修复错误的mate信息
-正确设置mate start pos为0
-删除mc标记（如果存在）
-清理bam标记的primer名称
-扩展DED支持的Pysam版本包括0.9-0.12
>0.1.1（2/9/2016）
————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————-将BAM标记添加到排除的读取中（在--保留所有读取时有用）
-调整以提高性能（大约快6倍）
-添加对PIP安装的支持
-添加功能测试
-添加对Travis CI的支持
-添加对python3的支持
-添加对pysam 0.8的支持.3
0.1（1/28/2016）
----
-初始版本
katana由密歇根大学编写和维护
brcf生物信息核心；个人贡献者包括：
-chris gates
-peter ulintz
katana
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图片：https://travis-ci.org/umich-brcf-bioinf/katana.svg？分支=开发
：目标：https://travis ci.org/umich brcf bioinf/katana
：alt:构建状态
…图片：：https://coveralls.io/repos/github/umich-brcf-bioinf/katana/badge.svg？分支=开发
：目标：https://coveralls.io/github/umich-brcf-bioinf/katana？branch=development
：alt:coverage status
因此，感兴趣的区域通常以这些引物序列开始和结束，这些序列与参考序列完全匹配，并且不反映实际的样本序列。在
一些面板设计中，放大镜可以平铺，使得一个
感兴趣区域的放大镜可以重叠不同放大镜的底漆区域。在这种
排列中，重叠区域应能检测出
落在该引物区域内的变体。然而，引物序列的存在通常会压倒真实的低频变体的特征。
katana根据读取的起始位置将每个读取匹配到相应的引物对。然后，katana从读取序列的边缘软剪辑引物区域，通过重叠的
扩增子来拯救真正变体的信号。该输出在概念上类似于根据序列标识从原始fastq读取的硬剪裁引物，但其优点是在对齐过程中保留引物可以提高对齐质量。
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扩增子a[感兴趣的primerregion聚合物]
Amplicon B[PrimerRegion of InterestPrimer]
输入read1序列：tgcatgagtcgtagttgacgtc
输入read2序列：atctaggtagttgacgtcagataatgcagc
输出read1序列：tgcatgagtcgtagttgacgtc（剪裁的Amplicon A引物）
输出读数2序列：ATCTaggtagttgacgtagaatgcagc（剪接的Amplicon B引物）
（小写=软剪接）
标签被添加到每个输出读数中，以帮助解释如何修改：
-x0:关联的引物ID
-x1:原始雪茄串
-x2:original reference start
-x3：原始引用结束（信息性；对反向读取有用）
-x4：排除读取的原因（仅当--preserve_all_alignments时出现）
katana假设：
-输入bam被索引
-引物是有意义的反义对
-primer对位于同一染色体上
-引物染色体与bam区域匹配
-引物文件被制表符分隔；标题行包括以下字段：
*客户目标id
*chr
*检测开始
*反义开始
*检测序列
*反义se序列
-在基于1的坐标中指定引物文件检测和反义启动
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快速启动
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1。**安装武士刀（请参见install.rst）：**
：：
$pip安装武士刀
2。**获取示例目录：**
：：
$git clone https://github.com/umich brcf bioinf/katana
>3。**运行katana:**
：：
$katana katana/examples/primars.txt katana/examples/chr10.pten.bam clipped.bam
这将读取chr10.pten.bam并生成clipped.bam，其中包含调整为软剪辑（不包括）其各自的底漆区域的读取
。不包括未映射的读操作
或与已知底漆不匹配的读操作。
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katana help
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：
$katana--help
：katana primer_manifest input_bam output_bam
匹配输入bam到primer中的每个对齐，软剪裁primer区域。
位置参数：
primer_manifest path to primer manifest（制表符分隔文本）
input_bam path to input bam
o输出bam的utput_bam路径
ents（即使它们
未映射，也不能与引物匹配，导致
无效雪茄等）
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电子邮件bfx-katana@umich.edu以获取支持和问题。
0.1.2（11/2/2017）
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-添加/正确更新mc标记
-排除mate时修复错误的mate信息
-正确设置mate start pos为0
-删除mc标记（如果存在）
-清理bam标记的primer名称
-扩展DED支持的Pysam版本包括0.9-0.12
>0.1.1（2/9/2016）
————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————-将BAM标记添加到排除的读取中（在--保留所有读取时有用）
-调整以提高性能（大约快6倍）
-添加对PIP安装的支持
-添加功能测试
-添加对Travis CI的支持
-添加对python3的支持
-添加对pysam 0.8的支持.3
0.1（1/28/2016）
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-初始版本
katana由密歇根大学编写和维护
brcf生物信息核心；个人贡献者包括：
-chris gates
-peter ulintz
欢迎加入QQ群-->： 979659372
