tree to reads-一个python脚本，用于读取树、解析多原子、生成突变和模拟ngs reads。
TreeToReads的Python项目详细描述
#treetoreads
从真实的系统发生学中生成下一代测序读取的模拟管道。
可用于测试进化模型、进化率、突变的基因组分布、样本和参考基因组的系统发育关系对snp调用和进化推断的影响。
输入是一种系统发育，一个用作树尖的基因组，
和控制文件中的一组配置参数
代表系统发育中所有尖端的基因组，
和模拟全基因组测序读取代表这些基因组。
这些对于分析管道的测试和比较很有用。
突变目前仅为单核苷酸变体-没有索引或重排。
代码仍在开发中-但欢迎测试，并将通过电子邮件ejmctavish和gmail提供支持。
>
-seq gen
-art
（如果想生成突变基因组，但不读取，可以不使用art运行，但不读取）
-samtools（要输出已排序的bam文件而不是sam）
安装要求
安装树状突r/>
pip2-dendropy-pip2-dendropy-pip2-dendropy-pip2-dendropy安装seq gen软件模拟突变（http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seqgen/software/seqgen/software/seqgen/）
艺术和samtools是可选的l，但是需要生成来自模拟基因组的读操作
安装art，从模拟基因组生成短读操作的软件（http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/）
在使用apt get的ubuntu上：
wget http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbinvanillaicecream031114linux64tgz.tgz
tar-xzvf-artbinvanilliaicecomean031114linux64tgz.tgz
>将艺术照明添加到路径（请访问http://askububuntu.com/questions/60218/how-to-a d d-a-directory-to-my-path）中
>在mac或linux（使用自制软件）上：在mac或linux（使用自制软件）上：
从sam文件中排序bam文件（并保存disk space）（http://www.htslib.org/）
cktavish/treetoreads.git
cd treetoreads
python treetoreads.py seksim.cfg
编辑配置文件seksim.cfg以适合您的数据。
默认情况下，脚本会查找名为"seksim.cfg"的文件
或者第一个参数可以是指向任何名称的控制文件的路径。
lumina数据。
或者，可以生成基因组，使用任何选定的参数单独运行art。
[完整教程]（https://github.com/snacktavish/treetoreds/blob/master/docs/tutorial.md）
d一些其他有用的信息。
如果成功运行，它将以
"treetoreads completed successfully"结束！
输出文件将位于
seqsim.cfg文件中指定的输出目录中，例如example_out
，其中包括：
每个文件夹中都有模拟树中每个提示的名称，其中每个文件夹中都有gziped simulated fastq.
mutsites.txt-基因组中突变位置的无序列表
seq gen.out-来自seq gen软件的输出消息
simtree.tre.bu-树的备份副本
simtree.tre-用于模拟的树：用0长度的分支随机解析的重新格式化和多原子
analysis.sh-分析运行的bash命令
这些文件夹包含fastq格式的模拟读取
Seqs_sim.txt-一个用于生成可变位点的中间文件
snpmatrix-一个格式为sequence，base，position的文件，描述基因组中所有可变位点
art_log-来自art软件的日志消息
docker pull snacktavish/treetoreads
docker run snacktavish/treetoreads seqsim.cfg
ads_config.cfg``.
（有关在容器中装入主机目录的详细信息，请参阅[docker手册]（http://docs.docker.com/engine/reference/run/volume shared filesystems.）
Ndropy、Art和Seqgen.
请在使用此模拟管道（以下适当引用）的任何出版作品中引用它们（以及本回购协议）
McTavish E.J.，Timme R，（2015）Tree to Reads。https://github.com/snacktavish/treetoreads
Huang W.，Li L，Myers J.R.，Marth G.T.（2012年）。艺术：下一代测序读取模拟器，生物信息学28（4）：593-594
li h.，handsaker b.，wysoker a.，fennell t.，ruan j.，homer n.，marth g.，abecasis g.，durbin r.和1000基因组项目数据处理亚组（2009），序列比对/地图（sam）格式和samtools。生物信息学，252078-9
Rambaut A.和Grassly N.C.（1997）Seq Gen:沿系统发生树的DNA序列进化的蒙特卡罗模拟应用。计算机。APPL比奥西13:235-238
Sukumaran，J.和Mark T.Holder。2010。树状体：一个用于系统发生计算的python库。生物信息学26:1569-1571。
从真实的系统发生学中生成下一代测序读取的模拟管道。
可用于测试进化模型、进化率、突变的基因组分布、样本和参考基因组的系统发育关系对snp调用和进化推断的影响。
输入是一种系统发育，一个用作树尖的基因组，
和控制文件中的一组配置参数
代表系统发育中所有尖端的基因组，
和模拟全基因组测序读取代表这些基因组。
这些对于分析管道的测试和比较很有用。
突变目前仅为单核苷酸变体-没有索引或重排。
代码仍在开发中-但欢迎测试，并将通过电子邮件ejmctavish和gmail提供支持。
>
-seq gen
-art
（如果想生成突变基因组，但不读取，可以不使用art运行，但不读取）
-samtools（要输出已排序的bam文件而不是sam）
安装要求
安装树状突r/>
pip2-dendropy-pip2-dendropy-pip2-dendropy-pip2-dendropy安装seq gen软件模拟突变（http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seqgen/software/seqgen/software/seqgen/）
艺术和samtools是可选的l，但是需要生成来自模拟基因组的读操作
安装art，从模拟基因组生成短读操作的软件（http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/）
在使用apt get的ubuntu上：
wget http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbinvanillaicecream031114linux64tgz.tgz
tar-xzvf-artbinvanilliaicecomean031114linux64tgz.tgz
>将艺术照明添加到路径（请访问http://askububuntu.com/questions/60218/how-to-a d d-a-directory-to-my-path）中
>在mac或linux（使用自制软件）上：在mac或linux（使用自制软件）上：
从sam文件中排序bam文件（并保存disk space）（http://www.htslib.org/）
cktavish/treetoreads.git
cd treetoreads
python treetoreads.py seksim.cfg
编辑配置文件seksim.cfg以适合您的数据。
默认情况下，脚本会查找名为"seksim.cfg"的文件
或者第一个参数可以是指向任何名称的控制文件的路径。
lumina数据。
或者，可以生成基因组，使用任何选定的参数单独运行art。
[完整教程]（https://github.com/snacktavish/treetoreds/blob/master/docs/tutorial.md）
d一些其他有用的信息。
如果成功运行，它将以
"treetoreads completed successfully"结束！
输出文件将位于
seqsim.cfg文件中指定的输出目录中，例如example_out
，其中包括：
每个文件夹中都有模拟树中每个提示的名称，其中每个文件夹中都有gziped simulated fastq.
mutsites.txt-基因组中突变位置的无序列表
seq gen.out-来自seq gen软件的输出消息
simtree.tre.bu-树的备份副本
simtree.tre-用于模拟的树：用0长度的分支随机解析的重新格式化和多原子
analysis.sh-分析运行的bash命令
这些文件夹包含fastq格式的模拟读取
Seqs_sim.txt-一个用于生成可变位点的中间文件
snpmatrix-一个格式为sequence，base，position的文件，描述基因组中所有可变位点
art_log-来自art软件的日志消息
docker pull snacktavish/treetoreads
docker run snacktavish/treetoreads seqsim.cfg
ads_config.cfg``.
（有关在容器中装入主机目录的详细信息，请参阅[docker手册]（http://docs.docker.com/engine/reference/run/volume shared filesystems.）
Ndropy、Art和Seqgen.
请在使用此模拟管道（以下适当引用）的任何出版作品中引用它们（以及本回购协议）
McTavish E.J.，Timme R，（2015）Tree to Reads。https://github.com/snacktavish/treetoreads
Huang W.，Li L，Myers J.R.，Marth G.T.（2012年）。艺术：下一代测序读取模拟器，生物信息学28（4）：593-594
li h.，handsaker b.，wysoker a.，fennell t.，ruan j.，homer n.，marth g.，abecasis g.，durbin r.和1000基因组项目数据处理亚组（2009），序列比对/地图（sam）格式和samtools。生物信息学，252078-9
Rambaut A.和Grassly N.C.（1997）Seq Gen:沿系统发生树的DNA序列进化的蒙特卡罗模拟应用。计算机。APPL比奥西13:235-238
Sukumaran，J.和Mark T.Holder。2010。树状体：一个用于系统发生计算的python库。生物信息学26:1569-1571。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
