捕获序列汇编程序
capture-assembler的Python项目详细描述
捕获序列汇编程序
capture是一种从超高覆盖率样本中恢复完整基因组的汇编程序。
存储库是一个正在进行的工作，汇编程序还不能正常工作。 谢谢你的关心，很快回来！
安装
capture需要安装以下组件：
- python=3.6
- 黑桃
todo
快速启动
# paired-end reads, Illumina MiSeq capture assemble -f reads_R1.fastq.gz -r reads_R2.fastq.gz \ --genome_size 35000 --mean 300 -o output_dir # compressed paired-end reads, Illumina HiSeq capture assemble -f reads_R1.fastq.gz -r reads_R2.fastq.gz \ --genome_size 35000 --mean 125 -o output_dir # single end reads, Ion Torrent capture assemble -u reads.fastq.gz \ --genome_size 35000 --mean 240 -o output_dir # reads in bam format capture assemble --bam reads.bam \ --genome_size 35000 --mean 240 -o output_dir # full list of subcommands and options capture -h # full list of options for a subcommand capture assemble -h
许可证
代码在MIT许可证下
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