用Python继续扩展

Question

我想给一个程序添加一个函数，这个程序用接收一个contig（inco=initial contig；dna sequence）的dna序列创建字典，并通过在字典中查找以键形式重叠的部分，并将值与“+”运算符连接起来，从而将其向右扩展。在

我举个简单的例子：

GATTGAAGC作为初始contig

在ATTTGAGC:A是词典中许多词条之一

我希望函数搜索这样一个重叠部分（我昨天在这里问过这个问题，它本身工作得很好，有特定的值，但不在带变量的函数中），它是字典中的键，并将该键的值连接到初始序列（将contig扩展到右侧）并将新序列保存到incon然后删除这个字典条目并重复，直到没有条目为止（这个部分我还没有尝试过）。在

首先，我希望函数搜索长度为9且值为1的键(附件：A)如果长度为8且值为2的键没有重叠部分（f.e。附件：TG)等等。在

附加信息： 字典“suffexdicts”有这样的条目，其值的长度为1（键的长度为14）到10（键的长度为5）。在

“reads”是存储序列列表的地方

当我尝试一个接一个地执行这些步骤时，有些工作（比如搜索）而有些没有，但是当我试图用它构建一个函数时，实际上什么也没有发生。函数应该返回尽可能小的扩展名。在

def extendContig (incon, reads, suffixDicts):
    incon = reads[0]
    for x in range(1,len(incon)):
        for key in suffixDicts.keys():
            if incon[x:] == key:
                incon = incon+suffixDicts['key']
                print(incon)
            else:
                print("n")
return()

我对Python很陌生，我可能犯了非常严重的错误，我希望大家能指出这些错误。我知道我在这方面有点过头了，但是我现在已经理解了大部分已经存在的代码，但是在我自己实现一些东西的时候仍然有问题，可能是因为synthax不正确。我知道有些程序我可以使用，但我想了解它背后的全部内容。在

编辑：按要求我将添加已经给定的函数。其中一些已经写了一些我根据给定的代码编写的部分（基本上我复制了一些修改）。警告：相当多：

正在读取Fasta文件： 附加信息： Fasta文件包含大量的序列，格式如下：

"> read 1

TTATGAATATTACGCAATGGACGTCCAAGGTACAGCGTATTTGTACGCTA

"> read 2

AACTGCTATCTTTCTTGTCCACTCGAAAATCCATAACGTAGCCCATAACG

"> read 3

TCAGTTATCCTATATACTGGATCCCGACTTTAATCGGCGTCGGAATTACT

我把文件上传到这里：http://s000.tinyupload.com/?file_id=52090273537190816031

编辑：编辑大块的代码，似乎没有必要。在