更改fastq文件的顺序以允许共享机密信息,以便对工具进行故障排除。
fastq-anonymous的Python项目详细描述
更改fastq文件的序列和标识符以启用 故障排除的机密信息
安装
pip install fastq-anonymous
用法
从stdin读取并写入stdout。序列默认为
替换为随机核苷酸。
fastq标识符和描述也被匿名化。
保留读取长度和质量字符串。
optional arguments: -h, --help show this help message and exit -v, --version Print version and exit. -m, --mask Mask all nucleotides using N
示例
cat reads.fastq.gz | fastq-anonymous > anonymous_reads.fastq gunzip -c reads.fastq.gz | fastq-anonymous > anonymous_reads.fastq gunzip -c reads.fastq.gz | fastq-anonymous | gzip > anonymous_reads.fastq.gz