更改fastq文件的顺序以允许共享机密信息,以便对工具进行故障排除。

fastq-anonymous的Python项目详细描述


更改fastq文件的序列和标识符以启用 故障排除的机密信息

安装

pip install fastq-anonymous

用法

从stdin读取并写入stdout。序列默认为 替换为随机核苷酸。
fastq标识符和描述也被匿名化。
保留读取长度和质量字符串。
optional arguments:
  -h, --help     show this help message and exit
  -v, --version  Print version and exit.
  -m, --mask     Mask all nucleotides using N

示例

cat reads.fastq.gz | fastq-anonymous > anonymous_reads.fastq

gunzip -c reads.fastq.gz | fastq-anonymous > anonymous_reads.fastq

gunzip -c reads.fastq.gz | fastq-anonymous | gzip > anonymous_reads.fastq.gz

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