删除lambda基因组的reads映射
NanoLyse的Python项目详细描述
#nanolyse
从fastq文件中删除对lambda噬菌体基因组的读取映射。
此脚本使用了heng li的[minimap2]和他的[mappy]python绑定。
[！[推特网址]（https://img.shields.io/twitter/url/https/twitter.com/wouter_decoster.svg？style=social&；label=follow%20%40wouter\u decoster）（https://twitter.com/wouter\u decoster）
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/wdecoster/nanolyse.svg？branch=master）（https://travis-ci.org/wdecoster/nanolyse）[！[代码运行状况]（https://landscape.io/github/wdecoster/nanolyse/master/landscape.svg？style=flat）（https://landscape.io/github/wdecoster/nanolyse/master）
[！[使用bioconda安装]（https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg？style=flat square）（http://bioconda.github.io/recipes/nanolyse/readme.html）
nanolyse[-h][-v][-r reference]
删除对lambda基因组的读取映射。
从stdin读取fastq并写入stdout。
示例用法：
zcat reads.fastq.gz nanolyse gzip>；读取不带lambda.fastq.gz的u
参数：< h - h -，——帮助显示此帮助消息，并退出< v - V -，版本-打印版本和退出，--引用引用
指定要筛选的引用fasta文件。
```
不带lambda.fastq.gz`
与[nanofilt]结合阅读（https://github.com/wdecoster/nanofilt）：
`gunzip-c reads.fastq.gz nanolyse nanofilt-q 12 gzip>；filtered_reads_without_lambda.fastq.gz`
使用不同的基因组进行筛选（而不是lambda噬菌体）：
`gunzip-c reads.fastq.gz nanolyse--reference mygenome.fa.gz gzip>；reads_without_mygenome.fastq.gz`
特写请求和贡献。请留下[问题]（https://github.com/wdecoster/nanolyse/issues）或打开拉取请求。我通常会在一天内回复，或者很少在几天内回复。
从fastq文件中删除对lambda噬菌体基因组的读取映射。
此脚本使用了heng li的[minimap2]和他的[mappy]python绑定。
[！[推特网址]（https://img.shields.io/twitter/url/https/twitter.com/wouter_decoster.svg？style=social&；label=follow%20%40wouter\u decoster）（https://twitter.com/wouter\u decoster）
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/wdecoster/nanolyse.svg？branch=master）（https://travis-ci.org/wdecoster/nanolyse）[！[代码运行状况]（https://landscape.io/github/wdecoster/nanolyse/master/landscape.svg？style=flat）（https://landscape.io/github/wdecoster/nanolyse/master）
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nanolyse[-h][-v][-r reference]
删除对lambda基因组的读取映射。
从stdin读取fastq并写入stdout。
示例用法：
zcat reads.fastq.gz nanolyse gzip>；读取不带lambda.fastq.gz的u
参数：< h - h -，——帮助显示此帮助消息，并退出< v - V -，版本-打印版本和退出，--引用引用
指定要筛选的引用fasta文件。
```
不带lambda.fastq.gz`
与[nanofilt]结合阅读（https://github.com/wdecoster/nanofilt）：
`gunzip-c reads.fastq.gz nanolyse nanofilt-q 12 gzip>；filtered_reads_without_lambda.fastq.gz`
使用不同的基因组进行筛选（而不是lambda噬菌体）：
`gunzip-c reads.fastq.gz nanolyse--reference mygenome.fa.gz gzip>；reads_without_mygenome.fastq.gz`
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