原生Python中的DNA序列比对(没有生物球)我有一个有趣的遗传学问题,我想用原生Python解决(除了标准库之外什么都没有)。这是为了使解决方案非常容易在任何计算机上使用,而不需要用户安装额外的模块。在 给你。我收到了来自454个新一代测序的1 ...2024-05-15 已阅读: n次
Python:从fasta格式的序列开头删除字符我有fasta格式的序列,在序列的开头包含17个bp的引物。引物有时会出现不匹配。因此,我想删除序列的前17个字符,除了fasta头。在 序列如下: > name_name_number_etc ...2024-05-15 已阅读: n次
从2个CSV文件中写入每个组合我有2个csv文件,其中包含PCR引物的数据。第一个文件包含有关正向引物的数据,第二个文件包含反向引物的数据。每个文件有10行和大约20列,当组合文件1和文件2中的行时,我希望将每行和每种组合生成第三 ...2024-05-15 已阅读: n次
使用python查找并删除公共子字符串我有两个引物序列: fiveprime = "GATTCGAAGTCCACTATC" threeprime = "TGAGTAGGACGGCACTATC" 我需要做的是当我有另一个序列时,我需要检 ...2024-05-15 已阅读: n次
快速查找允许有一些不匹配的子字符串的方法我正在寻找一种有效的方法来处理一些高通量的DNA测序数据。 数据分为5个文件,每个文件有几十万个序列,每个序列的格式如下: @M01102:307:000000000-BCYH3:1:1102: ...2024-05-15 已阅读: n次
如何使用特定扩展名输入文件名?我正在尝试使用python创建一个程序,它将由用户输入一个fasta文件,以后可以用来修剪引物。我正试图用生物电话来做这件事,但我不断地遇到错误。我试过的代码如下: from Bio import S ...2024-05-15 已阅读: n次
Python primer3 PCR引物设计我使用这个模块来设计引物https://pypi.python.org/pypi/primer3-py,但我得到了意想不到的结果。在 import primer3 input_seq = 'TAGTT ...2024-05-15 已阅读: n次
查找python函数以查找字符串中最长的顺序重复子字符串我正在对DNA序列进行编码,我感兴趣的是一个寻找序列重复的函数(这可能表示引物可能“滑倒”或做坏事的地方) 我感兴趣的一个例子如下: longest_repeat('ATTTTCCATGATGATG' ...2024-05-15 已阅读: n次
swga#选择性全基因组扩增[![构建状态](https://travis-ci.org/eclarke/swga.svg?branch=master)(https://travis ci.org/eclar ...2024-05-15 已阅读: n次
FluGibson#flugibson 啊![特拉维斯状态](https://travis-ci.org/ericmjl/flu-gibson.svg) 从病毒cdna中克隆流感聚合酶片段的引物设计工具。 #安装 安装 ...2024-05-15 已阅读: n次
Katana===katana=图片:https://travis-ci.org/umich-brcf-bioinf/katana.svg?分支=开发:目标:https://travis ci.org/umich ...2024-05-15 已阅读: n次
cutadapt 剪切适应 cutadapt查找并删除适配器序列、引物、poly-a尾部和其他 高吞吐量排序读取中不需要的序列类型。 通常需要这样清理数据:从小rna中读取 序列包含3'序列适配器,因为读取的长度 ...2024-05-15 已阅读: n次
primaveraprimavera是一个python库,用于计划和分析基于引物的dna组装验证,使用sanger测序或验证pcr。它实现了设计和选择引物的方法,以确保相关的装配片段将被覆盖,并可以产生简单的(但近似的 ...2024-05-15 已阅读: n次
genprimers genprimars genprimars是一个旨在产生pcr引物的软件。不像其他 引物程序,如primer3,它专注于生成特定的 一组序列的引物(定义为目标),它是一个子集 一组更大的序列(定义为 ...2024-05-15 已阅读: n次
ampcountp 一些python函数用于计算给定一组multiple displacement amplification反应的引物结合位置时基因组区域的预期扩增。有关详细信息,请参见ampCountR 安装 ...2024-05-15 已阅读: n次
jdnaJDNA python dna序列编辑器,将序列表示为链表。 它包括基本的分子反应模拟(引物退火、PCR、DNA组装)、基本格式转换和查看器类。 Documentation is here ...2024-05-15 已阅读: n次
primerserver2 高通量引物设计及特异性检测平台 此包Python名称:primerserver2 目前版本: primerserver2 2.0.0b6 ...2024-05-15 已阅读: n次