Python 引物_专题 - Python中文网

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关于引物相关联的Python项目和问题：

原生Python中的DNA序列比对（没有生物球）

我有一个有趣的遗传学问题，我想用原生Python解决（除了标准库之外什么都没有）。这是为了使解决方案非常容易在任何计算机上使用，而不需要用户安装额外的模块。在给你。我收到了来自454个新一代测序的1 ...

2024-04-29 已阅读: n次

Python：从fasta格式的序列开头删除字符

我有fasta格式的序列，在序列的开头包含17个bp的引物。引物有时会出现不匹配。因此，我想删除序列的前17个字符，除了fasta头。在序列如下： > name_name_number_etc ...

2024-04-29 已阅读: n次

从2个CSV文件中写入每个组合

我有2个csv文件，其中包含PCR引物的数据。第一个文件包含有关正向引物的数据，第二个文件包含反向引物的数据。每个文件有10行和大约20列，当组合文件1和文件2中的行时，我希望将每行和每种组合生成第三 ...

2024-04-29 已阅读: n次

使用python查找并删除公共子字符串

我有两个引物序列： fiveprime = "GATTCGAAGTCCACTATC" threeprime = "TGAGTAGGACGGCACTATC" 我需要做的是当我有另一个序列时，我需要检 ...

2024-04-29 已阅读: n次

快速查找允许有一些不匹配的子字符串的方法

我正在寻找一种有效的方法来处理一些高通量的DNA测序数据。数据分为5个文件，每个文件有几十万个序列，每个序列的格式如下： @M01102:307:000000000-BCYH3:1:1102: ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何使用特定扩展名输入文件名？

我正在尝试使用python创建一个程序，它将由用户输入一个fasta文件，以后可以用来修剪引物。我正试图用生物电话来做这件事，但我不断地遇到错误。我试过的代码如下： from Bio import S ...

2024-04-29 已阅读: n次

Python primer3 PCR引物设计

我使用这个模块来设计引物https://pypi.python.org/pypi/primer3-py，但我得到了意想不到的结果。在 import primer3 input_seq = 'TAGTT ...

2024-04-29 已阅读: n次

查找python函数以查找字符串中最长的顺序重复子字符串

我正在对DNA序列进行编码，我感兴趣的是一个寻找序列重复的函数（这可能表示引物可能“滑倒”或做坏事的地方）我感兴趣的一个例子如下： longest_repeat('ATTTTCCATGATGATG' ...

2024-04-29 已阅读: n次

prymer

设计并返回输入DNA序列的引物序列。 ...

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swga

#选择性全基因组扩增[！[构建状态]（https://travis-ci.org/eclarke/swga.svg？branch=master）（https://travis ci.org/eclar ...

2024-04-29 已阅读: n次

primerprospector

引物展望：PCR引物的从头设计和分类分析。 ...

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FluGibson

#flugibson 啊！[特拉维斯状态]（https://travis-ci.org/ericmjl/flu-gibson.svg）从病毒cdna中克隆流感聚合酶片段的引物设计工具。 #安装安装 ...

2024-04-29 已阅读: n次

Katana

===katana=图片：https://travis-ci.org/umich-brcf-bioinf/katana.svg？分支=开发：目标：https://travis ci.org/umich ...

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MFEprimer-linux

一个基于热力学的快速程序，用于检查PCR引物特异性（Linux特异性）有关详细信息，请参阅自述文件。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

cutadapt

剪切适应 cutadapt查找并删除适配器序列、引物、poly-a尾部和其他高吞吐量排序读取中不需要的序列类型。通常需要这样清理数据：从小rna中读取序列包含3'序列适配器，因为读取的长度 ...

2024-04-29 已阅读: n次

primavera

primavera是一个python库，用于计划和分析基于引物的dna组装验证，使用sanger测序或验证pcr。它实现了设计和选择引物的方法，以确保相关的装配片段将被覆盖，并可以产生简单的（但近似的 ...

2024-04-29 已阅读: n次

genprimers

genprimars genprimars是一个旨在产生pcr引物的软件。不像其他引物程序，如primer3，它专注于生成特定的一组序列的引物（定义为目标），它是一个子集一组更大的序列（定义为 ...

2024-04-29 已阅读: n次

ampcountp

一些python函数用于计算给定一组multiple displacement amplification反应的引物结合位置时基因组区域的预期扩增。有关详细信息，请参见ampCountR 安装 ...

2024-04-29 已阅读: n次

jdna

JDNA python dna序列编辑器，将序列表示为链表。它包括基本的分子反应模拟（引物退火、PCR、DNA组装）、基本格式转换和查看器类。 Documentation is here ...

2024-04-29 已阅读: n次

primerserver2

高通量引物设计及特异性检测平台此包Python名称：primerserver2 目前版本： primerserver2 2.0.0b6 ...

2024-04-29 已阅读: n次

Python 引物

关于引物 相关联的Python项目和问题：

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