cutadapt 2.4

剪切适应

cutadapt查找并删除适配器序列、引物、poly-a尾部和其他 高吞吐量排序读取中不需要的序列类型。

通常需要这样清理数据：从小rna中读取 序列包含3'序列适配器，因为读取的长度超过 被测序的分子。扩增子从引物序列开始读取。 poly-a尾巴对从样本中提取rna很有用，但通常 不想让他们出现在你的书里。

cutadapt通过找到适配器或底漆来帮助完成这些修剪任务 以容错方式的序列。它还可以修改和过滤读取 各种方式。适配器序列可以包含iupac通配符。也， 支持成对的结束读取，甚至支持颜色空间数据。如果你愿意，你可以 另外，只需解复用输入数据，而不必删除适配器序列。

Cutadapt提供了一套广泛的自动化测试，可在 麻省理工学院执照的条款。

如果你使用CutAdapt，请引用 DOI:10.14806/ej.17.1.200。