primavera 0.1.8

底漆选择示例

下面的代码假设文件available_primers.fa包含实验室中所有可用引物的标签和序列，并且要序列验证的程序集具有注释，指示序列应覆盖的区域和应避免底漆退火的区域。

fromprimaveraimportPrimerSelector,Primer,load_recordimportos# LOAD ASSEMBLIES RECORDS AND AVAILABLE PRIMERSrecords=[load_record(file_path,linear=False)forfile_pathin['my_record_1.gb','my_record_2.gb'...]]available_primers=Primer.list_from_fasta("example_primers.fa")# SELECT THE BEST PRIMERSselector=PrimerSelector(tm_range=(55,70),size_range=(16,25))selected_primers=selector.select_primers(records,available_primers)# PLOT THE COVERAGE AND WRITE THE PRIMERS IN A SPREADSHEETselector.plot_coverage(records,selected_primers,'coverage.pdf')selector.write_primers_table(selected_primers,'selected_primers.csv')

返回的selected_primers包含一个引物列表（每个构造一个列表）。返回的pdf报告如下：

信息

pip安装：

pip install primavera

web文档：

https://edinburgh-genome-foundry.github.io/Primavera/

github页

https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/Primavera

现场演示

http://cuba.genomefoundry.org/select_primers

许可证：麻省理工学院，爱丁堡基因组铸造厂版权所有

更多生物软件

primavera是用于dna设计、制造和验证的合成生物学软件套件的一部分。